如何将 H5 table 查询结果转换为 Astropy Table？

Question

通常我使用SQL查询在线数据库，但数据库已关闭。我有一个包含我需要查询的 table 的 H5 文件。我使用 Table.read_where('condition') 查询了 table，并为符合我的条件的每一行列出了 numpy.void 元素。有什么方法可以获取该行列表并将其变成 Astropy table？这就是我以前使用的所有代码，我宁愿不必更改它。这是我一直用来尝试将其转换为 Astropy table:

的代码

import tables
from astropy.table import Table
import numpy as np

Data = tables.open_file('file_path','r') #opens our .h5 file
DataTable = Data.root.TableName #Points to the table

#Queries the table for rows that meet my 'Condition', and outputs a list of numpy.void's 
#containing integers and floats. Each numpy.void represents a row in my table. 
result = [row for row in DataTable.read_where('Condition')]

#I try to turn the list of rows into a Astropy table to use in the rest of my code.
resultTable = Table(rows=result,names=('Column1','Column2','Column3'))

我得到的错误是：

Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-2-aa9501cdbf2a>", line 1, in <module>
    runfile('FilePath', wdir='FilePath')

  File "Spyder File", line 827, in runfile
    execfile(filename, namespace)

  File "Spyder File", line 110, in execfile
    exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)

  File "File Path", line 27, in <module>
    resultTable = Table(rows=result,names=('Column1','Column2','Column3'))

  File "FilePath/python3.7/site-packages/astropy/table/table.py", line 420, in __init__
    rec_data = recarray_fromrecords(rows)

  File "FilePath/lib/python3.7/site-packages/astropy/table/np_utils.py", line 196, in recarray_fromrecords
    return np.rec.fromarrays(array_list, formats=formats)

  File "FilePath/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/records.py", line 645, in fromarrays
    _array[_names[i]] = arrayList[i]

ValueError: Can't cast from structure to non-structure, except if the structure only has a single field.

我尝试通过 np.rec.fromrecords 传递 result 来检查它是否有效，因为 [Astropy 文档] (https://docs.astropy.org/en/stable/table/construct_table.html#construct-table) 说它必须能够通过该函数.它没有任何错误。我不确定从这里到哪里去。

我的替代计划是创建一个由 result 中的行组成的 PyTables table，并从中提取列作为 numpy 数组。我宁愿坚持只使用 Astropy，因为我使用的代码是围绕 Astropy 构建的，坚持使用 Astropy 而不是将其更改为 PyTables 会更容易。

Answer 1

基于documentation for AstroPy Table，第一个参数可以是NumPy结构化数组或一维齐次数组（相同类型）。

PyTables（表）函数 DataTable.read_where('Condition') returns 匹配 Table 描述的 NumPy 记录数组（在 NumPy 术语中称为 dtype）。因此，您想使用返回的数组来创建您的 AstroPy Table。在 Pytables 调用中不需要 row for row in；只需使用 result = DataTable.read_where('Condition').

注意：默认情况下，astropy.table 将使用 NumPy 数组中的字段名称。您可以使用 (print (result.dtype) 查看它们。添加 names= 参数会使用您提供的名称覆盖默认名称。

更新后的代码显示了以下更改：

Data = tables.open_file('file_path','r') #opens our .h5 file
DataTable = Data.root.TableName #Points to the PyTable table

#Queries the table for rows that meet my 'Condition', and 
# returns a NumPy record array with dtype matching the table description
result = DataTable.read_where('Condition')

#reference the Numpy Array to create a AstroPy table for use in the rest of my code.
resultTable = Table(rows=result,names=('Column1','Column2','Column3'))

如何将 H5 table 查询结果转换为 Astropy Table？

How can I turn an H5 table query result into a Astropy Table?

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