在 pheatmap 中使用 heatmaply 树状图排序

Question

有没有办法使用 heatmaply 包中使用的树状图聚类方法并将其应用于 pheatmap 包生成的热图？基本上与这里的要求相反：

当我使用 heatmaply 而不是 pheatmap 时，我通常会看到更好的数据聚类。但是，我并不总是想使用交互式绘图。 heatmaply::ggheatmap 函数对我来说不能正常工作，因为我有 col_side_colors 并且注释妨碍了树状图。它看起来很乱。所以我改用pheatmap。

也许有人可以帮助解决我的问题。谢谢！

Answer 1

library(pheatmap)
library(heatmaply)
library(seriation)
library(dendextend)

# A dataset    
x <- scale(mtcars)

# Interactive heatmap
p <- heatmaply(x)
print(p)

# The dendrogram for rows
dst <- dist(x)
hc_row <- hclust(dst)
row_dend <- as.dendrogram(hc_row)
row_dend <- seriate_dendrogram(row_dend, dst, method="OLO")

# The dendrogram for columns
dst <- dist(t(x))
hc_row <- hclust(dst)
col_dend <- as.dendrogram(hc_row)
col_dend <- seriate_dendrogram(col_dend, dst, method="OLO")
col_dend <- rotate(col_dend, order = rev(labels(dst)[get_order(as.hclust(col_dend))]))

# The pheatmap with the same clustering of heatmaply
pheatmap(x, cluster_rows=as.hclust(row_dend), cluster_cols=as.hclust(col_dend))

heatmaply的输出

和pheatmap的输出

在 pheatmap 中使用 heatmaply 树状图排序

Using heatmaply dendrogram sorting in pheatmap

r

hierarchical-clustering

pheatmap

heatmaply