ggforest returns error `[.data.frame`(cbind(allTermsDF, coef[inds, ]), , c("var", "level", error 错误：选择了未定义的列

Question

我使用以下标准代码使用生存包中的卵巢数据集：

ovarian$rx <- factor(ovarian$rx, levels = c("1", "2"), labels = c("A", "B"))
ovarian$resid.ds <- factor(ovarian$resid.ds, levels = c("1", "2"), labels = c("no", "yes"))
ovarian$ecog.ps <- factor(ovarian$ecog.ps, levels = c("1", "2"), labels = c("good", "bad"))

ovarian <- ovarian %>% mutate(age_group = ifelse(age >=50, "old", "young"))
ovarian$age_group <- factor(ovarian$age_group)

surv_object <- Surv(time = ovarian$futime, event = ovarian$fustat)

fit1 <- survfit(surv_object ~ rx, data = ovarian)
ggsurvplot(fit1, data = ovarian, pval = TRUE)

fit2 <- survfit(surv_object ~ resid.ds, data = ovarian)
ggsurvplot(fit2, data = ovarian, pval = TRUE)

fit.coxph <- coxph(surv_object ~ rx + resid.ds + age_group + ecog.ps, data = ovarian)
ggforest(fit.coxph, data = ovarian)

我能够绘制生存曲线，但由于某种原因，我在尝试使用 4 个参数对 cox 风险模型进行森林图时出现以下错误

Error in `[.data.frame`(cbind(allTermsDF, coef[inds, ]), , c("var", "level",  : 
  undefined columns selected

我错过了什么吗？我从数据营教程中获取了代码，所以它应该可以工作。非常感谢任何解决此问题的建议。

谢谢！

Answer 1

我遇到了同样的问题，当我安装旧版本的 R（R 版本 3.6.3）然后安装旧版本的 Broom（0.5.6）时解决了这个问题。

Answer 2

这可能是由于 broom 版本 0.7.0 导致的，据报道该版本会导致 survminer ggforest 出现该错误，请参阅 here。希望 survminer 能尽快更新修复。

ggforest returns error `[.data.frame`(cbind(allTermsDF, coef[inds, ]), , c("var", "level", error 错误：选择了未定义的列

ggforest returns error Error in `[.data.frame`(cbind(allTermsDF, coef[inds, ]), , c("var", "level", : undefined columns selected

r

cox

survival