R for lm 中的 autoplot()：为什么我得到 "Constant Leverage: Residuals vs Factor Levels" 而不是 "Residuals vs Leverage" 图？

Question

我在 R 中使用一个连续变量 (DENSITY) 和一个因子 (SEASON) 进行 ANCOVA。当我检查模型假设时，我得到一个名为“恒定杠杆：残差与因子水平”的图，而不是“残差与杠杆”图。

limp.mod <- lm(EGGS~DENSITY*SEASON, data=limp)
autoplot(limp.mod,smooth.colour = NA, which=5)

Image:What I get

Image:What I want

如何获得“残差与杠杆”图？为什么我的教科书中完全相同的代码会给出另一个 autoplot() 输出？

在此先感谢您的帮助！

Answer 1

没有可复现的例子，我会先根据内置数据集创建一个模型iris。

df1 <- iris[1:100, 3:5]
df1$Species <- droplevels(df1$Species)
str(df1)
#'data.frame':   100 obs. of  3 variables:
# $ Petal.Length: num  1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1.4 1.5 ...
# $ Petal.Width : num  0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 ...
# $ Species     : Factor w/ 2 levels "setosa","versicolor": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

fit <- lm(Petal.Length ~ Petal.Width*Species, df1)

至于情节，autoplot是一个通用函数。包 ggfortify 包括 class "lm" 等对象的方法。

来自help("autoplot.lm")：

which If a subset of the plots is required, specify a subset of the numbers 1:6.

默认为which = c(1, 2, 3, 5)。尝试参数的所有 6 个值，我们发现想要的图不是其中之一。所以需要建立自定义图表。

残差和杠杆值可以分别从stats::resid和stats::hatvalues获得。

library(ggplot2)

dflev <- data.frame(Leverage = hatvalues(fit), y = resid(fit))

ggplot(dflev, aes(Leverage, y)) +
  geom_point() +
  geom_hline(yintercept = 0, linetype = "dashed") +
  ggtitle("Residuals vs Leverage") +
  lims(y = c(-1, 1)) +
  ylab("") +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, face = "bold"))

R for lm 中的 autoplot()：为什么我得到 "Constant Leverage: Residuals vs Factor Levels" 而不是 "Residuals vs Leverage" 图？

autoplot() in R for lm: why do I get a "Constant Leverage: Residuals vs Factor Levels" instead of a "Residuals vs Leverage" plot?

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