当 运行 与 python 一起爆炸时，'blastp' 未被识别为内部或外部命令错误
'blastp' is not recognized as an internal or external command error when running blast with python
我正在尝试 运行 使用 biopython 使用 Bio.Blast.Applications 进行本地 BLAST。但是，当 运行 宁以下代码时：
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
result = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\result.xml"
q = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa"
database = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa"
blastp_cline = NcbiblastpCommandline(query = q, db = database, evalue = 0.001, outfmt=5, out = result)
stdout, stderr = blastp_cline()
我收到一条错误消息：
ApplicationError: Non-zero return code 1 from 'blastp -out C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\result.xml -outfmt 5 -query C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa -db C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa -evalue 0.001', message "'blastp' is not recognized as an internal or external command,"
我已经尝试 运行 使用子进程和 os 进行此操作，但每次都出现相同的错误。
当我 运行 通过命令行查询时一切正常（我使用的是 blast 2.9.0+），所以我真的不确定问题出在哪里。如有任何帮助，我们将不胜感激！
首先找到 blastp 可执行文件的安装位置，并将其作为参数提供给 NcbiblastpCommandline。
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
blastp_path = r"C:\path\to\blastp.exe"
result = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\result.xml"
q = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa"
database = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa"
blastp_cline = NcbiblastpCommandline(cmd=blastp_path, query=q, db=database, evalue=0.001, outfmt=5, out=result)
如果您现在执行 print(blastp_cline)，它应该打印出将成为 运行 的完整命令。通过 copy/pasting 此输出并从命令行 运行 对其进行双重检查是否有效。如果可行，那么
stdout, stderr = blastp_cline()
应该也可以。
我正在尝试 运行 使用 biopython 使用 Bio.Blast.Applications 进行本地 BLAST。但是，当 运行 宁以下代码时：
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
result = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\result.xml"
q = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa"
database = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa"
blastp_cline = NcbiblastpCommandline(query = q, db = database, evalue = 0.001, outfmt=5, out = result)
stdout, stderr = blastp_cline()
我收到一条错误消息：
ApplicationError: Non-zero return code 1 from 'blastp -out C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\result.xml -outfmt 5 -query C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa -db C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa -evalue 0.001', message "'blastp' is not recognized as an internal or external command,"
我已经尝试 运行 使用子进程和 os 进行此操作，但每次都出现相同的错误。
当我 运行 通过命令行查询时一切正常（我使用的是 blast 2.9.0+），所以我真的不确定问题出在哪里。如有任何帮助，我们将不胜感激！
首先找到 blastp 可执行文件的安装位置，并将其作为参数提供给 NcbiblastpCommandline。
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
blastp_path = r"C:\path\to\blastp.exe"
result = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\result.xml"
q = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa"
database = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa"
blastp_cline = NcbiblastpCommandline(cmd=blastp_path, query=q, db=database, evalue=0.001, outfmt=5, out=result)
如果您现在执行 print(blastp_cline)，它应该打印出将成为 运行 的完整命令。通过 copy/pasting 此输出并从命令行 运行 对其进行双重检查是否有效。如果可行，那么
stdout, stderr = blastp_cline()
应该也可以。