Python3中如何解码和可视化DICOM曲线数据？
How to decode and visualize DICOM curve data in Python 3?
我正在尝试用 Python 3 和 pyDicom 可视化一个 DICOM 文件，它应该包含一个黑色的 100x100 图像，其中绘制了一些曲线。像素数据是从 header (7fe0,0010) 中提取的，打印时显示 b'\x00\x00\x00...'。我可以轻松地将其转换为 100x100 numpy 数组。
但是，(5000,3000) 中的曲线数据显示 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xc0H@\x00\x00\x00\x00\x00\xc0X@\x00\x00\x00\x00\x00\xc0H@' 我无法将其转换为 100x100 像素图像中的 x、y 坐标。在 DICOM 文件中它说
- 曲线维度：2
- 点数：2
- 数据类型：聚
- 数据值表示：3
- 曲线标签：横轴
- 曲线数据：32个元素
主要问题是：如何解码在我的 100x100 图像中回溯曲线所需的坐标？我主要关心的是应该有 32 个元素，但是输出中只有 26 个十六进制值。我也不知道如何处理 \xc0H@ 和 \xc0X@。当我打印这些时，它会产生 192 72 64 和 192 88 64。 python 如何将这 2 个十六进制代码解码为 6 个数字？这些数字代表什么？
编辑：
显然，数据值表示形式 3 表示数据表示为浮点双精度数。另一方面，数据中应该有两个点，那么每个点用16个元素表示？我看不出这两个陈述如何兼容。有趣的是，第一个\xc0H@如前所述转化为3个数字，这样就完成了曲线数据的前16个元素。如何将其转换为二维图像中的一个点？
曲线数据自 2004 年起已在 DICOM 中退役，因此您可以在 DICOM standard from 2004 中找到相关信息（感谢 @kritzel_sw 提供 link）。
正如您已经发现的那样，Data Value Representation 3 表示数据条目为双格式，并且具有 Type of Data 多边形，数据中有 x/y 元组。由于 double 值保存在 8 个字节中，因此每个点有 16 个字节——在您的情况下（32 个字节的数据）总共有 2 个点。
Pydicom 不（也可能不会）直接支持已停用的 Curve 模块（尽管在 pydicom 2.1 中添加了对 Waveform 模块的支持，当前的等效模块），因此您必须自己解码数据。你可以这样做（给定双数）：
from struct import unpack
from pydicom import dcm_read
ds = dcm_read(filename)
data = ds[0x50003000].value
# unpack('d') unpacks 8 bytes into a double
numbers = [unpack('d', data[i:i+8])[0] for i in range(0, len(data), 8)]
# I'm sure there is a nicer way for this...
coords = [(numbers[i], numbers[i+1]) for i in range(0, len(numbers), 2)]
在您的示例数据中，这将 return:
[(0.0, 49.5), (99.0, 49.5)]
例如x/y 坐标 (0, 49.9) 和 (99.0, 49.5)，对应于图像中间的水平线。
关于26个十六进制元素与32个字节的不匹配：字节字符串表示仅显示十六进制字符串表示法无法转换为ASCII的字节，其余仅显示为相应ASCII字符的表示。因此，例如，您的字节字符串的这一部分：\x00\xc0H@ 的长度为 4 个字节，也可以用十六进制字符串表示法表示为 \x00\xc0\x48\x40。
我正在尝试用 Python 3 和 pyDicom 可视化一个 DICOM 文件，它应该包含一个黑色的 100x100 图像，其中绘制了一些曲线。像素数据是从 header (7fe0,0010) 中提取的，打印时显示 b'\x00\x00\x00...'。我可以轻松地将其转换为 100x100 numpy 数组。
但是，(5000,3000) 中的曲线数据显示 b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xc0H@\x00\x00\x00\x00\x00\xc0X@\x00\x00\x00\x00\x00\xc0H@' 我无法将其转换为 100x100 像素图像中的 x、y 坐标。在 DICOM 文件中它说
- 曲线维度：2
- 点数：2
- 数据类型：聚
- 数据值表示：3
- 曲线标签：横轴
- 曲线数据：32个元素
主要问题是：如何解码在我的 100x100 图像中回溯曲线所需的坐标？我主要关心的是应该有 32 个元素，但是输出中只有 26 个十六进制值。我也不知道如何处理 \xc0H@ 和 \xc0X@。当我打印这些时，它会产生 192 72 64 和 192 88 64。 python 如何将这 2 个十六进制代码解码为 6 个数字？这些数字代表什么？
编辑：
显然，数据值表示形式 3 表示数据表示为浮点双精度数。另一方面，数据中应该有两个点，那么每个点用16个元素表示？我看不出这两个陈述如何兼容。有趣的是，第一个\xc0H@如前所述转化为3个数字，这样就完成了曲线数据的前16个元素。如何将其转换为二维图像中的一个点？
曲线数据自 2004 年起已在 DICOM 中退役，因此您可以在 DICOM standard from 2004 中找到相关信息（感谢 @kritzel_sw 提供 link）。
正如您已经发现的那样，Data Value Representation 3 表示数据条目为双格式，并且具有 Type of Data 多边形，数据中有 x/y 元组。由于 double 值保存在 8 个字节中，因此每个点有 16 个字节——在您的情况下（32 个字节的数据）总共有 2 个点。
Pydicom 不（也可能不会）直接支持已停用的 Curve 模块（尽管在 pydicom 2.1 中添加了对 Waveform 模块的支持，当前的等效模块），因此您必须自己解码数据。你可以这样做（给定双数）：
from struct import unpack
from pydicom import dcm_read
ds = dcm_read(filename)
data = ds[0x50003000].value
# unpack('d') unpacks 8 bytes into a double
numbers = [unpack('d', data[i:i+8])[0] for i in range(0, len(data), 8)]
# I'm sure there is a nicer way for this...
coords = [(numbers[i], numbers[i+1]) for i in range(0, len(numbers), 2)]
在您的示例数据中，这将 return:
[(0.0, 49.5), (99.0, 49.5)]
例如x/y 坐标 (0, 49.9) 和 (99.0, 49.5)，对应于图像中间的水平线。
关于26个十六进制元素与32个字节的不匹配：字节字符串表示仅显示十六进制字符串表示法无法转换为ASCII的字节，其余仅显示为相应ASCII字符的表示。因此，例如，您的字节字符串的这一部分：\x00\xc0H@ 的长度为 4 个字节，也可以用十六进制字符串表示法表示为 \x00\xc0\x48\x40。