R 包 'Seurat' 因 openMP 错误而崩溃
R package 'Seurat' crashes with openMP error
我被这个问题困扰了一段时间。
我已经在我的 Mac (Catelina) 上安装了一个包 Seurat，但是当调用这个库时，R 会崩溃并显示以下消息：
OMP：错误 #15：正在初始化 libomp.dylib，但发现 libomp.dylib 已经初始化。
OMP：提示 这意味着 OpenMP 运行时的多个副本已链接到程序中。这很危险，因为它会降低性能或导致不正确的结果。最好的办法是确保只有一个 OpenMP 运行时链接到进程中，例如通过避免在任何库中静态链接 OpenMP 运行时。作为一种不安全、不受支持、未记录的解决方法，您可以设置环境变量 KMP_DUPLICATE_LIB_OK=TRUE 以允许程序继续执行，但这可能会导致崩溃或静默产生不正确的结果。更多信息，请参阅http://openmp.llvm.org/
中止陷阱：6
我google了一下，好像是MacOS的问题，可能和conda有关。但是我的机器上没有conda。
我也酿造了llvm，没用
请帮我解决这个问题。
谢谢！
找到了我自己的问题的可能答案。
- 删除 ~/Library/r-miniconda
- 删除修拉
- 安装Seurat，当要求安装r-miniconda时，选择no
Seurat 包可以加载成功。但仍然不知道 r-miniconda 是否对 运行 与 Seurat 的进一步分析至关重要。
我被这个问题困扰了一段时间。 我已经在我的 Mac (Catelina) 上安装了一个包 Seurat，但是当调用这个库时，R 会崩溃并显示以下消息：
OMP：错误 #15：正在初始化 libomp.dylib，但发现 libomp.dylib 已经初始化。 OMP：提示 这意味着 OpenMP 运行时的多个副本已链接到程序中。这很危险，因为它会降低性能或导致不正确的结果。最好的办法是确保只有一个 OpenMP 运行时链接到进程中，例如通过避免在任何库中静态链接 OpenMP 运行时。作为一种不安全、不受支持、未记录的解决方法，您可以设置环境变量 KMP_DUPLICATE_LIB_OK=TRUE 以允许程序继续执行，但这可能会导致崩溃或静默产生不正确的结果。更多信息，请参阅http://openmp.llvm.org/ 中止陷阱：6
我google了一下，好像是MacOS的问题，可能和conda有关。但是我的机器上没有conda。
我也酿造了llvm，没用
请帮我解决这个问题。
谢谢！
找到了我自己的问题的可能答案。
- 删除 ~/Library/r-miniconda
- 删除修拉
- 安装Seurat，当要求安装r-miniconda时，选择no
Seurat 包可以加载成功。但仍然不知道 r-miniconda 是否对 运行 与 Seurat 的进一步分析至关重要。