在 R 4.0.0 之前安装了软件包“stringr”：请重新安装它 BiocManager 安装路径不可写，无法更新软件包

Question

收到错误 Error : package ‘stringr’ was installed before R 4.0.0: please re-install it 和 BiocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

rstudio 给了我进一步的发展

/usr/local/lib/R/lib/libR.so not found

Answer 1

这是一个关于如何修复这些错误的长答案，但我认为其中包含必要的提示和技巧（例如，不要立即安装 R 4.0.2（2020 年 7 月 25 日））。这让我很痛苦，因为我运行在途中遇到了更多的错误。 Error : package ‘stringr’ was installed before R 4.0.0: please re-install it 和 BiocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

我删除了主文件夹中的 .RData（不可见，使用 ls -la）这解决了我在 R 4.0.0 之前安装的问题，但没有解决我的生物导体问题。我想如果您只有重新安装错误，它可能会起作用。

在多次尝试加载我的包但只收到这些错误后，我选择重新安装 R。在 R 中，我运行 .libpaths 并删除了每个包中的所有文件目录。然后我通过从 https://www.r-project.org/ 下载 R 和运行下载文件夹 ./configure --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack make sudo make install 中的通用编译命令来重新安装 R。 rstudio 需要 --enable-R-shlib 才能使用 R，但其他的则不需要。

2020 年 7 月 25 日，我尝试在 ubuntu 上从 apt 安装，但 rstudio 无法找到 libR.so（/usr/local/lib/R/lib/libR.so not found 的错误）。我尝试使用 ./configure --enable-R-shlib 从源代码 R 4.0.2 进行编译，这应该使 libR.so 但这返回了一个错误。

我认为这是一个潜在的问题，因为运行 ./configure --enable-R-shlib 使用 R 4.0.0 从源代码编译，我得到了文件并打开了 Rstudio（请修复 R 4.0.2，随后贴切）。

我然后运行将军

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")

安装 biocmanager，终于成功了。

Answer 2

我在 Linux 框中从 R 3.6 升级到 4.0 时遇到了类似的问题。我也在回答这个问题，因为这个问题是 google 在寻找这个问题时给出的第一个结果之一。事实证明，即使删除 R（apt purge），系统中仍会保留一个文件夹，这会给以后的安装带来很多问题。我想要 link 这里给出的伟大答案并拯救了我： https://askubuntu.com/questions/1219737/installing-ggplot2-for-r-3-6-on-ubuntu-18-04

在 Linux 个系统中，您应该查看：

$ ls /usr/local/lib/R/site-library

如果文件夹有目录列表，您应该删除所有内容：

sudo rm -Rf /usr/local/lib/R/site-library

然后重新安装 R 和所有库。

在 R 4.0.0 之前安装了软件包“stringr”：请重新安装它 BiocManager 安装路径不可写，无法更新软件包

Package ‘stringr’ was installed before R 4.0.0: please re-install it BiocManager Installation path not writeable, unable to update packages

installation

r

package

bioconductor