pROC 中值灵敏度与手动灵敏度计算 - 不同的结果

Question

从混淆矩阵中手动计算灵敏度，得出值0.853。

TN = 16
FP = 7
FN = 5
TP = 29

pROC 的输出不同（中位数 = 0.8235）。

y_test = c(1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
       0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0,
       0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0)

y_pred_prob = c(0.63069148, 0.65580015, 0.9478634 , 0.94471701, 0.24756774,
       0.51969906, 0.26881201, 0.6722361 , 0.30275069, 0.61676645,
       0.76116789, 0.90867332, 0.31525658, 0.10681422, 0.6890589 ,
       0.25185641, 0.54820684, 0.7175465 , 0.57194733, 0.71304872,
       0.98805141, 0.92829077, 0.38150015, 0.97653216, 0.96036858,
       0.75878699, 0.95466371, 0.52292342, 0.28296724, 0.5660834 ,
       0.91581461, 0.49574317, 0.79025422, 0.14303487, 0.66885536,
       0.07660444, 0.10342033, 0.53661914, 0.04701796, 0.83313871,
       0.37766607, 0.89157993, 0.47731778, 0.62640482, 0.47664294,
       0.0928437 , 0.13605622, 0.2561323 , 0.95572329, 0.49051571,
       0.49267652, 0.92600581, 0.48464618, 0.96006108, 0.01548211,
       0.56057243, 0.82257937)

set.seed(99)
boot = 2000
rocobj <- roc(y_test, y_pred_prob)
print(ci.thresholds(rocobj,.95, thresholds =  0.5, method = 'bootstrap',boot.n = boot))

OUT:    95% CI (2000 stratified bootstrap replicates):
     thresholds sp.low sp.median sp.high se.low se.median se.high
      0.5002624 0.5652    0.7391   0.913 0.6765    0.8235  0.9412

这是引导方法的结果吗？因为是中位数？

Answer 1

你用的是什么阈值？

报告和分析混淆矩阵的结果时需要小心。当您有数字预测时，您必须考虑生成此 table 的阈值。鉴于其中的数字，我假设您使用了 0.495 或接近该值的阈值，这使我能够获得与您相同的数字：

> table(y_test, y_pred_prob > 0.495)
      
y_test FALSE TRUE
     0    17    6
     1     5   29

如何从 pROC 中获得经验敏感性和特异性？

现在我们有了一个阈值，我们可以使用 coords 函数从 pROC 中提取该阈值的数据：

> coords(rocobj, 0.495, "threshold", transpose = FALSE)
  threshold specificity sensitivity
1     0.495   0.7391304   0.8529412

这正是您计算的灵敏度。

boostrapping 怎么样？

如您所料，用于计算置信区间的自举是一个随机过程，重采样曲线的中值将与经验值不同。

然而，对于具有 2000 bootstrap 个重复的中位数，我们非常接近：

> set.seed(99)
> print(ci.thresholds(rocobj,.95, thresholds =  0.495, method = 'bootstrap',boot.n = boot))

95% CI (2000 stratified bootstrap replicates):
 thresholds sp.low sp.median sp.high se.low se.median se.high
      0.495 0.5652    0.7391   0.913 0.7353    0.8529  0.9706

pROC 中值灵敏度与手动灵敏度计算 - 不同的结果

pROC median Sensitivity vs. manual Sensitivity calculation - different Results

r

roc

confusion-matrix

proc-r-package

你用的是什么阈值？

如何从 pROC 中获得经验敏感性和特异性？

boostrapping 怎么样？