使用 ImageJ 从合并的堆栈创建新的图像堆栈

Question

我有一个合并的图像堆栈（来自两个复合堆栈），with a screenshot of a slice shown here。这是在 ImageJ 中完成的。本质上，水（蓝色）被注入气体扩散层（即主要由碳纤维制成的多孔 material）。黑色区域是空气。 我如何获取合并后的堆栈并在 ImageJ 中创建仅包含黑色区域的新图像堆栈？

为了把事情放在上下文中，我最终将采用三个不同的堆栈（气体扩散层、水、空气），从中创建网格，并找到三个全部相交的位置（即三相接触线）。经过一些平滑处理后，我将计算沿所有接触线的顶点法线，以计算气体扩散层中水的平均接触角。

Answer 1

原来我的问题是我一开始是如何组合这两张图片的。最初我使用图像 > 颜色 > 合并通道选项。但事实是合并后的堆栈现在有两种颜色（不包括我试图提取的黑色背景）。

我将两个原始堆栈（水和 GDL）制作成黑色和白色。然后我使用 Process > Image Calculator 功能添加两个堆栈。我处理了所有的图像。

因为我想要空气（即背景），所以我颠倒了堆叠，这样空气就变成了白色，而 GDL 和水变成了黑色。然后我能够保存这个堆栈并最终通过 ImageJ 的 3D 查看器插件（插件 > 3D 查看器）创建一个 .stl 文件。