带热图的圆形树

Question

这个问题很琐碎，但我无法很好地处理。

我正在尝试绘制带有侧热图的圆形树。

我正在使用 ggtree，但欢迎使用任何基于 ggplo2 的方法。 gheatmap 函数我不太理解的问题。

我要：
1- 热图之后的名称
热图后的 2- 2 个文本列（虽然可能具有相同的值，但我需要知道如何添加它）
3- 热图列名称处理得很好，我们是否应该删除列名称并为每个列使用不同的颜色比例？无论解决方案落在哪里，都可能比现在更好

library(tidyverse)
library(ggtree)
library(treeio)
library(tidytree)

beast_file <- system.file("examples/MCC_FluA_H3.tree", package="ggtree")
beast_tree <- read.beast(beast_file)

genotype_file <- system.file("examples/Genotype.txt", package="ggtree")
genotype <- read.table(genotype_file, sep="\t", stringsAsFactor=F)
colnames(genotype) <- sub("\.$", "", colnames(genotype))
p <- ggtree(beast_tree, mrsd="2013-01-01",layout = "fan", open.angle = -270) + 
  geom_treescale(x=2008, y=1, offset=2) + 
  geom_tiplab(size=2)

gheatmap(p, genotype, offset=5, width=0.5, font.size=3, 
         colnames_angle=-45, hjust=0) +
  scale_fill_manual(breaks=c("HuH3N2", "pdm", "trig"), 
                    values=c("steelblue", "firebrick", "darkgreen"), name="genotype")

提前致谢

更新：

我找到了绘制热图列名称的更好方法。
另外，我发现数据的简化对清理一点尖端标签。现在，我只需要在热图之后添加两个文本列。

p <- ggtree(beast_tree)  
gheatmap(
  p, genotype, colnames=TRUE, 
  colnames_angle=90,
  colnames_offset_y = 5,
  colnames_position = "top", 
) +
  scale_fill_manual(breaks=c("HuH3N2", "pdm", "trig"), 
                    values=c("steelblue", "firebrick", "darkgreen"), name="genotype")

更新 2：

非常糟糕的改进我刚刚使用 ggplot 创建标签并与 patchwork

合并

library(patchwork)

p$data %>% 
  ggplot(aes(1, y= y, label = label )) +
  geom_text(size=2) +
  xlim(NA, 1) +
  theme_classic() +
  theme(axis.title.x=element_blank(),
        axis.text.x=element_blank(),
        axis.ticks.x=element_blank(),
        axis.title.y=element_blank(),
        axis.text.y=element_blank(),
        axis.ticks.y=element_blank()) -> adText

pp + adText

Answer 1

答案根据@xiangpin at GitHub.

到geom_tiplabel的大偏移值：

p <- ggtree(beast_tree)  
p1 <- gheatmap(
         p, genotype, colnames=TRUE, 
         colnames_angle=-45,
         colnames_offset_y = 5,
         colnames_position = "bottom",
         width=0.3,
         hjust=0, font.size=2) +
         scale_fill_manual(breaks=c("HuH3N2", "pdm", "trig"), 
                    values=c("steelblue", "firebrick", "darkgreen"), name="genotype") +
         geom_tiplab(align = TRUE, linesize=0, offset = 7, size=2) +
         xlim_tree(xlim=c(0, 36)) +
         scale_y_continuous(limits = c(-1, NA))
p1

使用ggtreeExtra:

library(ggtreeExtra)
library(ggtree)
library(treeio)
library(ggplot2)

beast_file <- system.file("examples/MCC_FluA_H3.tree", package="ggtree")
genotype_file <- system.file("examples/Genotype.txt", package="ggtree")

tree <- read.beast(beast_file)
genotype <- read.table(genotype_file, sep="\t")

colnames(genotype) <- sub("\.$", "", colnames(genotype))
genotype$ID <- row.names(genotype)

dat <- reshape2::melt(genotype, id.vars="ID", variable.name = "type", value.name="genotype", factorsAsStrings=FALSE)
dat$genotype <- unlist(lapply(as.vector(dat$genotype),function(x)ifelse(nchar(x)==0,NA,x)))

p <- ggtree(tree) + geom_treescale()

p2 <- p + geom_fruit(data=dat,
                     geom=geom_tile,
                     mapping=aes(y=ID, x=type, fill=genotype),
                     color="white") +
          scale_fill_manual(values=c("steelblue", "firebrick", "darkgreen"),
                            na.translate=FALSE) +
          geom_axis_text(angle=-45, hjust=0, size=1.5) +
          geom_tiplab(align = TRUE, linesize=0, offset = 6, size=2) +
          xlim_tree(xlim=c(0, 36)) +
          scale_y_continuous(limits = c(-1, NA))
p2

带热图的圆形树

Circular tree with heatmap

r

heatmap

ggplot2

tidyverse

ggtree