德雷克计划拟合 lmer 模型失败

Question

我正在尝试在 drake 计划中安装一些 lme4::lmer 模型，但出现错误

'data' not found, and some variables missing from formula environment

如果我替换 lm 模型，它就可以工作。

这是一个可重现的例子

library(drake)
library(lme4)
#> Loading required package: Matrix
#> 
#> Attaching package: 'Matrix'
#> The following object is masked from 'package:drake':
#> 
#>     expand

plan_lm <- drake_plan(
  dat = iris,
  mod = lm(Sepal.Length ~ Petal.Length, data = dat)
)

make(plan_lm)
#> ℹ Consider drake::r_make() to improve robustness.
#> ▶ target dat
#> ▶ target mod

plan_lmer <- drake_plan(
  dat1 = iris,
  mod1 = lmer(Sepal.Length ~ Petal.Length, data = dat1)
)

make(plan_lmer)
#> ▶ target dat1
#> ▶ target mod1
#> x fail mod1
#> Error: target mod1 failed.
#> diagnose(mod1)$error$message:
#>   'data' not found, and some variables missing from formula environment
#> diagnose(mod1)$error$calls:
#>   lme4::lFormula(formula = Sepal.Length ~ Petal.Length, data = dat1, 
#>     control = list("nloptwrap", TRUE, 1e-05, TRUE, FALSE, list(
#>         "ignore", "stop", "ignore", "stop", "stop", "message+drop.cols", 
#>         "warning", "stop"), list(list("warning", 0.002, NULL), 
#>         list("message", 1e-04), list("warning", 1e-06)), list()))
#>   lme4:::checkFormulaData(formula, data, checkLHS = control$check.formula.LHS == 
#>     "stop")
#>   base::stop("'data' not found, and some variables missing from formula environment", 
#>     call. = FALSE)
Created on 2020-07-29 by the reprex package (v0.3.0)

有什么建议吗？

Answer 1

这个边缘案例是 https://github.com/ropensci/drake/issues/1012 and https://github.com/ropensci/drake/issues/1163 的一个实例。 drake 为运行命令创建自己的环境，因此带有 dat 的环境与模型实际运行所在的环境不同。 drake 这样做是有充分理由的，而且行为不会改变，所以不幸的是这个问题是永久性的，除非 lme4 改变。我可以提供的最佳解决方法是在运行时间在目标环境中创建公式，类似于下面的 reprex。您必须手动强制数据和公式处于同一环境中。我建议编写一个自定义函数来执行此操作。

library(drake)
suppressPackageStartupMessages(library(lme4))

fit_lmer <- function(dat) {
  envir <- environment()
  envir$dat <- dat
  f <- as.formula("Reaction ~ Days + (Days | Subject)", env = envir)
  lme4::lmer(f, data = dat)
}

plan <- drake_plan(
  dat = sleepstudy,
  mod = fit_lmer(dat)
)

make(plan)
#> ▶ target dat
#> ▶ target mod

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020-07-29 创建

顺便说一句，如果可以的话，请考虑避免使用 iris 数据集：https://armchairecology.blog/iris-dataset/

Answer 2

我可以通过在新目标中重新分配来解决这个问题

plan <- drake_plan(
  dat = sleepstudy,
  mod =  {dat <- dat
    lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), dat)
  }
)
make(plan)

或跟随https://github.com/ropensci/drake/issues/1163，使用readd(dat)

德雷克计划拟合 lmer 模型失败

drake plan fitting lmer models fails

r

lme4

drake-r-package