在 Google Colab 中安装 RDKit

Question

我不知道如何解决以下问题。直到今天，我一直在使用以下代码片段在 Google Colab 中安装 RDKit：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

然而，今天我开始收到以下错误：

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-d24c24e2d1f9> in <module>()
----> 1 from rdkit import Chem
      2 import networkx as nx

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

我试过使用完整的 Anaconda 发行版而不是 Miniconda，并将 python 版本更改为 3.6 和 3.8，但似乎没有任何效果。

Answer 1

我认为你安装Miniconda时需要指定python 3.7（当前rdkit构建支持python 3.7），最新的Miniconda版本是py3.8:

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

https://colab.research.google.com/drive/1MAZyv3O4-TrI8c1MD4JVmwExDquaprRT?usp=sharing

Answer 2

如果不想安装Conda，直接解压anaconda包即可

# version 2018 is quite easy
# download & extract
url = 'https://anaconda.org/rdkit/rdkit/2018.09.1.0/download/linux-64/rdkit-2018.09.1.0-py36h71b666b_1.tar.bz2'
!curl -L $url | tar xj lib
# move to python packages directory
!mv lib/python3.6/site-packages/rdkit /usr/local/lib/python3.6/dist-packages/
x86 = '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
!mv lib/*.so.* $x86/
# rdkit need libboost_python3.so.1.65.1
!ln -s $x86/libboost_python3-py36.so.1.65.1 $x86/libboost_python3.so.1.65.1

对于最新版本，由于 libboost 1.67，它有点复杂。所以，我把它放在我的 kora 图书馆里。

!pip install kora -q
import kora.install.rdkit

您将获得版本 2020.09.1

Answer 3

我创建了一个 Python 包来简化设置。你可以找到它 here.

它将安装 Miniconda（或任何其他风格）并修补一些使 Colab 变得棘手的东西。

像这样使用它（笔记本中的第一个单元格）：

!pip install -q condacolab
import condacolab
condacolab.install()

内核将重新启动，然后您将能够运行 conda 或 mamba 使用 !shell 语法：

!mamba install -c conda-forge rdkit

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在 Google Colab 中安装 RDKit

Installing RDKit in Google Colab

python

rdkit

google-colaboratory