使用 samtools 提取未映射的读取，其中两个伙伴都未映射？
Extracting unmapped reads where both mates are unmapped using samtools?
我正在尝试确定提取未映射读数的最佳方法，其中一对中的两个伙伴都没有映射。目前，我的代码似乎只是简单地提取所有未映射的读取，而不考虑它们的配对。我不确定该怎么做，因为我已经在使用 -f 选项来提取未映射的读取。我会再做一次 samtools 视图迭代吗？
samtools view -@ 4 -buh -f4 sample${r}_pe.remove.sam > sample${r}_pe.unmapped.bam
仅提取读取 1 未映射且读取 2 未映射（= 两个配对均未映射）的读取：
samtools view -b -f12 input.sam > output.both_mates_unmapped.bam
这里的选项是：
-b - 输出 BAM，
-f12 - 仅过滤带有标志的读取：4（未映射读取）+ 8（未映射配对）。
另请参见：
解码 SAM 标志：https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html
我正在尝试确定提取未映射读数的最佳方法，其中一对中的两个伙伴都没有映射。目前，我的代码似乎只是简单地提取所有未映射的读取，而不考虑它们的配对。我不确定该怎么做，因为我已经在使用 -f 选项来提取未映射的读取。我会再做一次 samtools 视图迭代吗？
samtools view -@ 4 -buh -f4 sample${r}_pe.remove.sam > sample${r}_pe.unmapped.bam
仅提取读取 1 未映射且读取 2 未映射（= 两个配对均未映射）的读取：
samtools view -b -f12 input.sam > output.both_mates_unmapped.bam
这里的选项是：
-b - 输出 BAM，
-f12 - 仅过滤带有标志的读取：4（未映射读取）+ 8（未映射配对）。
另请参见：
解码 SAM 标志：https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html