显示具有 NaN 值的 32 位图像 (ImageJ)

Question

我写了一个多语言 3-D 图像去噪 ImageJ 插件，它对图像进行一些操作，returns 去噪后的图像作为一维数组。一维数组包含 NaN 值（在边缘周围）。一维数组被转换回图像堆栈并显示。它只是黑色。我保存了图像堆栈并再次在 ImageJ 中打开它。我将光标移到图像上，看到值发生了应有的变化。在某些地方（我假设是神经元），像素值在 1000-4000 的范围内。然而，整个画面简直就是一片漆黑。这是最后将数组转换为图像堆栈的代码片段：

# Image-denoising routines written in C (this is where the nan values are introduced)
fimg = JNApackage.NativeCodeJNA.NativeCall(InputImgArray, medfiltArray, int(searchradius), int(patchradius), beta , int(x), int(y), int(z))



# Optimal Inverse Anscombe Transform (Some more operations in Jython)
fimg = InverseAnscombe.InvAnscombe(fimg)

InputImg.flush()

outputstack = ImageStack(x, y, z )  

for i in xrange(0, z):  
    # Get the slice at index i and assign array elements corresponding to it.
    outputstack.setPixels(fimg[int(i*x*y):int((i+1)*x*y)], i+1)

print 'Preparing denoised image for display '
outputImp = ImagePlus("Output Image", outputstack)    
#print "OutputImage Stats:"
Stats = StackStatistics(outputImp)
print "mean:", Stats.mean, "minimum:", Stats.min, "maximum:", Stats.max 

outputImp.show()

任何关于发生了什么的帮助？

Answer 1

您的图片显示范围可能设置不正确。

尝试

outputImp.resetDisplayRange()

或

outputImp.setDisplayRange(Stats.min, Stats.max)

有关详细信息，请参阅 ImagePlus javadoc。

显示具有 NaN 值的 32 位图像 (ImageJ)

Displaying a 32-bit image with NaN values (ImageJ)

python

image-processing

imagej