snakemake 在 SGE 上使用多个通配符提交作业的问题

Question

我之前在 LSF 集群上使用过 snakemake，一切正常。但是，最近我迁移到 SGE 集群，当我尝试运行一个具有多个通配符的作业时，我遇到了一个非常奇怪的错误。

当我尝试根据此规则提交作业时

rule download_reads :
    threads : 1
    output : "data/{sp}/raw_reads/{accesion}_1.fastq.gz"
    shell : "scripts/download_reads.sh {wildcards.sp} {wildcards.accesion} data/{wildcards.sp}/raw_reads/{wildcards.accesion}"

我收到以下错误（snakemake_clust.sh 详细信息如下）

./snakemake_clust.sh data/Ecol1/raw_reads/SRA123456_1.fastq.gz                                          
Building DAG of jobs...
Using shell: /bin/bash
Provided cluster nodes: 10
Job counts:
        count   jobs
        1       download_reads
        1

[Thu Jul 30 12:08:57 2020]
rule download_reads:
    output: data/Ecol1/raw_reads/SRA123456_1.fastq.gz
    jobid: 0
    wildcards: sp=Ecol1, accesion=SRA123456

scripts/download_reads.sh Ecol1 SRA123456 data/Ecol1/raw_reads/SRA123456
Unable to run job: ERROR! two files are specified for the same host
ERROR! two files are specified for the same host
Exiting.
Error submitting jobscript (exit code 1):

Shutting down, this might take some time.

当我用常量替换 sp 通配符时，它按预期工作：

rule download_reads :
        threads : 1
        output : "data/Ecol1/raw_reads/{accesion}_1.fastq.gz"
        shell : "scripts/download_reads.sh Ecol1 {wildcards.accesion} data/Ecol1/raw_reads/{wildcards.accesion}"

即我得到

Submitted job 1 with external jobid 'Your job 50731 ("download_reads") has been submitted'.

我想知道为什么我会遇到这个问题，我确信我之前在基于 LSF 的集群上使用完全相同的规则没有任何问题。

一些细节

snakemake 提交脚本如下所示

#!/usr/bin/env bash                                                                                                                                                                
                                                                                                                                                                                   
mkdir -p logs                                                                                                                                                                      
                                                                                                                                                                                   
snakemake $@ -p --jobs 10 --latency-wait 120 --cluster "qsub \                                                                                                                     
    -N {rule} \                                                                                                                                                                    
    -pe smp64 \                                                                                                                                                                    
    {threads} \                                                                                                                                                                    
    -cwd \                                                                                                                                                                         
    -b y \                                                                                                                                                                         
    -o \"logs/{rule}.{wildcards}.out\" \                                                                                                                                           
    -e \"logs/{rule}.{wildcards}.err\""

-b y使命令按原样执行，-cwd将计算节点上的工作目录更改为提交作业的工作目录。我希望其他标志/规格都清楚。

此外，我知道 --drmaa 标志，但我认为集群没有针对此配置好。 --cluster 到目前为止是一个更强大的解决方案。

-- 编辑 1 --

当我在本地执行完全相同的蛇文件时（在前端，没有 --cluster 标志），脚本按预期执行。好像是snakemake和scheduler交互的问题

Answer 1

-o \"logs/{rule}.{wildcards}.out\" \                                                                                                                                           
-e \"logs/{rule}.{wildcards}.err\""

这是一个随机猜测...在将它们替换为 logs/{rule}.{wildcards}.err 之前，多个通配符由 space 连接。因此，尽管您使用双引号，SGE 仍将结果字符串视为两个文件并抛出错误。如果改用单引号呢？喜欢：

-o 'logs/{rule}.{wildcards}.out' \                                                                                                                                           
-e 'logs/{rule}.{wildcards}.err'

或者，您可以连接规则中的通配符并在命令行中使用结果。例如：

rule one:
    params:
        wc= lambda wc: '_'.join(wc)
    output: ...

然后使用：

-o 'logs/{rule}.{params.wc}.out' \                                                                                                                                           
-e 'logs/{rule}.{params.wc}.err'

（第二个解决方案，如果可行的话，有点糟糕）

snakemake 在 SGE 上使用多个通配符提交作业的问题

problem with snakemake submitting jobs with multiple wildcard on SGE

cluster-computing

snakemake

sungridengine

一些细节