Python in R - Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python

Python in R - Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python

我不明白 R 如何处理 Python 环境和 Python 版本并不断收到错误 Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python。我安装了 Miniconda 并在 shell:

中创建了一个 conda 环境 
conda activate r-reticulate

然后，在 R 中，我尝试安装 keras（与包 tensorflow 相同的问题）：

library(keras)
reticulate::use_condaenv()
install_keras(method = "conda", conda = reticulate::conda_binary())

... 并得到以下错误：

Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python

我试图弄清楚 Python R 应该使用什么 

reticulate::py_config()

并得到

python:         /usr/bin/python
libpython:      /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/config/libpython2.7.dylib
pythonhome:     /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7:/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7
version:        2.7.16 (default, Jul  5 2020, 02:24:03)  [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 11.0.3 (clang-1103.0.29.21) (-macos10.15-objc-
numpy:          /Users/bestocke/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages/numpy
numpy_version:  1.16.6
tensorflow:     [NOT FOUND]

python versions found: 
 /usr/bin/python3
 /usr/local/bin/python3
 /usr/bin/python

我不明白这个。这似乎是在使用 Python 2.7。当试图找出 shell 中使用了哪个 Python 时，我得到：

> which python
/opt/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python

和

> ls -l /opt/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python
lrwxr-xr-x  1 username  wheel  9 Aug  2 15:21 /opt/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python -> python3.6

建议使用 Python 3.6。

我哪里错了？

尝试按照 https://tensorflow.rstudio.com/installation/ 上的指南进行操作：

在您的 R-studio 控制台中：

  1. install.packages("tensorflow")

  2. library(tensorflow)

  3. install_tensorflow()

如果您还没有手动安装 Anaconda / Miniconda，那么在第 1 步。 3、一个提示会询问你是否允许安装Miniconda。如果您已经安装了 conda，那么：

  1. 在 conda 中创建新环境 r-reticulate：conda create -n r-reticulate
  2. 从 R-studio 控制台使用参数安装 tensorflow：install_tensorflow(method = 'conda', envname = 'r-reticulate')
  3. 加载网状包library(reticulate)
  4. 在R-studiouse_condaenv('r-reticulate')
    5. 激活conda环境
  5. 加载tensorflow库library(tensorflow)
  6. 检查tensorflow是否激活tf$constant("Hellow Tensorflow")

参考资料：

希望有时间补充信息。我尝试按照 Anugerah Erlaut 所说的进行操作，但尝试通过 WSL 在 R-studio 服务器上安装 Keras GPU。

我知道该解决方案可行，因为我在另一台计算机上尝试过，但安装在 Windows 和 Keras CPU 上。经过一段时间的测试（并感到沮丧），Rstudio 似乎没有权限更改 r-reticulate env.

所以，我在 bash 命令行上尝试了解决方案 运行 或“纯 R”，它工作得很好！

我使用 virtualenv 安装，我发现我必须通过 envname 指定环境的完整路径。它不适用于 method="virtualenv", envname="r-reticulate"