如何为非常小的值更改 geom_tile 比例？

Question

我有一个包含一些比较的数据框，值表示对象之间的相似性。我有一个真实的对象与一些随机的对象相比，这导致非常小的相似性。此外，我将随机对象与随机对象进行了比较，这导致了更高的相似率。在这一点上，我想将所有内容放在一起并将其绘制为热图。问题是我想突出显示的非常小的相似度值与随机比较中不太小的相似度值具有相同的颜色。当然这是比例问题，但我不知道如何管理色阶。以下代码生成实际显示问题的热图。此处，第一列呈淡黄色，这很好，但这与其他图块的颜色相同，另一方面，这些图块具有更高的、不可比较的值。如何根据实际比例给图块上色？

代码：

set.seed(131)

#number of comparisons in the original data: 1 value versus n=10
n <- 10
#generate real data (very small values)
fakeRealData <- runif(n, min=0.00000000000001, max=0.00000000000002)

#and create the data structure
realD <- cbind.data.frame(rowS=rep("fakeRealData", n), colS=paste("rnd", seq(1, n, by=1), sep=" "), Similarity=fakeRealData, stringsAsFactors=F)

#the same for random data, n=10 random comparisons make for a n by n matrix
rndN <- n*n
randomData <- data.frame(matrix(runif(rndN), nrow=n, ncol=n))

rowS <- vector()
#for each column of randomData
for (r in seq(1, n, by=1)) {
    #create a vector of the first rowname, then the second, the third, etc etc which is long as the number of columns
    rowS <- append(rowS, rep(paste("rnd", r, sep=" "), n))
}

#and create the random data structure
randomPVs <- cbind.data.frame(rowS=rowS, colS=rep(paste("rnd", seq(1, n, by=1), sep=" "), n), Similarity=unlist(randomData), stringsAsFactors=F)

#eventually put everything together
everything <- rbind.data.frame(randomPVs, realD)

#and finally plot the heatmap
heaT <- ggplot(everything, aes(rowS, colS, fill=Similarity)) + 
    geom_tile() +
    scale_fill_distiller(palette = "YlGn", direction=2) +
    theme_bw() + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))+
    xlab("")+
    ylab("")

plot(heaT)

Answer 1

以下是三种方法：

将 geom_text 添加到您的图中以显示颜色差异较小时的值。

heaT <- ggplot(everything, aes(rowS, colS)) + 
  geom_tile(aes(fill=Similarity)) +
  scale_fill_distiller(palette = "YlGn", direction=2) +
  geom_text(aes(label = round(Similarity, 2))) +
  theme_bw() + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) +
  xlab("") +
  ylab("")

使用 values 参数将非线性比例设置为 scale_fill_distiller。 我在 0.01 处添加了一个额外的断点到其他线性比例以强调0 和小的非零数字之间的差异。我让其余的比例线性化。

heaT <- ggplot(everything, aes(rowS, colS)) + 
  geom_tile(aes(fill=Similarity)) +
  scale_fill_distiller(palette = "YlGn", direction=2, 
                       values = c(0, 0.01, seq(0.05, 1, 0.05))) +
  theme_bw() + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) +
  xlab("") +
  ylab("")

按照 Richard 在评论中提到的那样改变你的比例。请注意，这会混淆图例中的值，因此要么重命名它，要么隐藏它。

heaT <- ggplot(everything, aes(rowS, colS)) + 
  geom_tile(aes(fill=Similarity)) +
  scale_fill_distiller(palette = "YlGn", direction=2, trans = "log10", 
                       name = "log10(Similarity)") +

  theme_bw() + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))+
  xlab("")+
  ylab("")

试试这些方法的组合，看看你喜欢什么。

如何为非常小的值更改 geom_tile 比例？

how to change geom_tile scale for very small values?

r

ggplot2

geom-tile