使用位置从字符串中提取字母

Question

我是 Python 的初学者，我正在使用 Python 2.7.

我有一个 DNA 序列（字符串 dna），我必须根据它们在 dna 字符串中的位置提取字母。位置由字符串sequence定义，其中点号前的第一个数字表示从dna字符串中提取的第一个字母，第二个数字到最后一个。

我必须用一个循环来做到这一点，使 python 程序尽可能简单。我花了几天时间尝试编写代码，但一直无法使它工作。这是我到目前为止所做的，但它不起作用。有什么帮助吗？

dna='abcde'    
sequence=' 0..2, 4..5, 4..5'   
import re    
b=re.finditer('([0-9]{1}\.\.([0-9]{1}))', sequence)    
for j in b:        
   print int(j.group(2))    
a=re.finditer('(([0-9]{1})\.\.[0-9]{1})', sequence)    
for f in a:    
   print int(f.group(2))    
for element in sequence:    
   print dna[int(f.group(2)):int(j.group(2))]

Answer 1

你在你的模式前省略了 r :

>>> b=re.finditer(r'([0-9]{1}\.\.([0-9]{1}))', sequence) 
>>> for j in b:
...    print int(j.group(2))
... 
5
5

但是对于拆分序列，您不需要正则表达式，您可以使用列表理解和 str.split() :

>>> l=[i.split('..') for i in sequence.split(',')]
>>> [(int(i),int(j)) for i,j in l]
[(0, 2), (4, 5), (4, 5)]

>>> for i,j in indices :
...    print dna[i:j]
... 
ab
e
e

Answer 2

那……呢：

dna='abcde'    
sequence=' 0..2, 4..5, 4..5'   
import re    
b=re.finditer(r'([0-9]+)\.\.([0-9]+)', sequence)    
for j in b:        
   print dna[int(j.group(1)) : int(j.group(2))]

这会打印

ab
e
e

因为切片在 Python 中排除了最后一个索引。如果您想要看到 abc 和 ef，只需将 print 更改为

   print dna[int(j.group(1)) : int(j.group(2)) + 1]

即，只需在切片语法的右侧部分加 1。

Answer 3

import re
dna='abcde'    
sequence='0..2, 4..5, 4..5'
positionlist = sequence.split(", ") #splits string on, and puts parts in list
dnalist = list(dna) #splits to seperate letters
for i in xrange(len(positionlist)): #make an array of arrays (last array has 2 values, start and stop)
    range1 = positionlist[i].split("..") 
    range1 = map(int,range1) #convert from string to integer
    print dnalist[range1[0]:range1[1]]

这是一个没有正则表达式的实现。可能不是最简单的，但我和你一样也是初学者，所以我做了这个作为对自己的测试。

使用位置从字符串中提取字母

Extract letters from a string using the position

python

string

extract