R 中的 OpenBUGS 错误："undefined variable"

Question

我正在尝试通过库 R2OpenBUGS 在 R 中使用 OpenBUGS 进行分层贝叶斯分析，但我在模型编译的早期阶段一直运行ning 进入错误消息。我正在尝试将植物功能性状建模为植物大小和环境的函数。对于几种植物物种，我有性状、胸径 (dbh) 和海拔高度的数据。

我的模型和数据规范如下（不包括数据生成部分）：

model = function() {
  for(i in 1:22){
    mu[i] ~ dnorm(0, 0.00001)
    env[i] ~ dnorm(0, 0.00001)
    s[i] ~ dnorm(0, 0.00001)
    me[i] ~ dnorm(0, 0.00001)

    for(j in 1:np[i]){
      tr[i, j] ~ dnorm(eff[i, j], tau)
      eff[i, j] <- mu[i] + s[i] * log(dbh[i, j]) + env[i] * pow(edev[i, j], 2) * (edev[i, j] / abs(edev[i, j]))
      edev[i, j] <- e[i, j] - me[i]
    }
  }

  tau ~ dnorm(0, 0.00001)
  sig <- 1 / tau
}

library(R2OpenBUGS)
model.file = file.path(tempdir(), "model.txt")
write.model(model, model.file)

data.th = list(tr = tr.th, dbh = dbh, e = elevadj, np = np)
params = c("mu", "env", "s", "me", "sig")
inits = function() { list(mu = rep(1, 22), s = rep(1, 22), env = rep(1, 22), me = rep(1, 22), tau = 1) }

out.th = bugs(data.th, inits, params, model.file, n.iter = 10000, codaPkg = T)

要建模的参数说明：

mu：物种平均值
s：大小效应参数
env：环境（海拔）影响参数
me：每个物种的理论"optimal"高度
sig：误差项，用方差表示

数据存储在矩阵 tr.th、dbh、elevadj 中，每一行代表每个植物物种。我的数据不平衡：每个物种包含不同数量的样本点。 np 是一个向量，其中包含每个植物物种的实际（非 NA）样本点数。（我不知道是否需要实际数据来发现错误，如果需要，我会 post 在这里提供样本）

每当我尝试运行这个模型时，我都会遇到一条错误消息，上面写着 "variable dbh is not defined"，而且编译失败。这很奇怪，因为我已经成功地运行一个模型，之前它与我现在尝试运行的模型没有太大区别。我怀疑这可能只是格式或规范上的一个简单、愚蠢的错误，因为我现在才开始使用 Rfor 中的 OpenBUGS 进行贝叶斯分析几周，并且可能遗漏了一些关键点。

我查看了该网站并发现了以下问题，但我没有成功申请解决我的问题：

OpenBUGS error undefined variable
OpenBUGS - Variable is not defined
Trying to create and loop through matrix of unbalanced data in R

阅读 manual 也没有帮助：它提供了以下文字，我无法理解：

'undefined variable' - undefined variables are allowed in the model so long as they are not used on the right hand side of a relation

我正在使用 RStudio，版本 0.98.1091 和 OpenBUGS，版本 3.2.3 rev 1012。

如果有人能帮我查明问题的根源和解决方法，我将不胜感激。

Answer 1

实际上我不确定是否应该编辑我的问题或添加评论，但我找到了问题的根源，所以我会首先尝试在这里解决它。简而言之，错误的不是代码，而是数据格式。

正如我上面所说，在我的模型中，我使用向量 np 来指定不同植物物种的实际（非 NA）样本点的数量，每个样本点都在 j 循环。事实证明，我用来生成np的代码是不正确的，以至于它实际上与非NA样本点的数量不匹配。因此，当模型尝试调用数据时，它在我的不平衡数据中包含 NA，我怀疑这是问题的根源，因为我在某处读过 elso.because 我将我的不平衡数据存储在一个矩阵。

为了防止这个问题成为个人博客post，我认为带回家的信息是：

彻底检查你的代码（呃）
如果您的数据包含 NA
将数据存储在矩阵中似乎不是一个好主意，尤其是当数据不平衡时

我认为编辑我的问题以更直接地解决第二点和第三点可能会更好，但我还不确定该怎么做。

R 中的 OpenBUGS 错误："undefined variable"

OpenBUGS error in R: "undefined variable"

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