如何将 PyMOL 中的命令输出保存到 txt 文件？

Question

我是 PyMOL 的新手，我正在尝试编写一个 python 脚本来生成一个 .txt 文件并将 PyMOL 命令输出保存到其中。假设它有一个包含 pdb 文件名称的数组和一个将每个文件与某个特定蛋白质对齐的 for 循环：

pdb = ["191L", "192L", "193L", "194L"]

cmd.fetch("190L")

for i in pdb:
cmd.fetch(i)
cmd.align(i, "190L")

PyMOL 将计算每个比对的 RMSD。我如何编写我的脚本，以便它获取每个 RMSD 并将其保存到文本文件中？

这是我目前的情况：

def get_rmsd():

cmd.fetch("190L")
for i in pdb:
   cmd.fetch(i)
   output = open("rmsd.txt", "w")
   data = cmd.align(i, "190L")
   data = str(data)
   output.write(data)
   stored.f.close()

当我在 PyMOL 上调用函数时，它会像预期的那样获取和对齐文件，但没有创建文本文件。

Answer 1

我不会使用 pymol.Scratch_Storage class。我会保持简单并做类似的事情：

新建文件“test.py”

复制以下内容：

from pymol import cmd
import os


def get_rmsd(pdbs, align_to):
    # a bit more reusable
    cmd.fetch(align_to)
    with open("rmsd.txt", "w") as w:
        # using context management will close the rmsd.txt automatically
        for pdb in pdbs:
            cmd.fetch(pdb)
            line = cmd.align(pdb, align_to)
            w.write(f"{line}\n")

    print(f"outfile: {os.path.join(os.getcwd(), 'rmsd.txt')}")


get_rmsd(["191L", "192L", "193L", "194L"], "190l")

运行脚本：run test.py

Answer 2

找到了我自己的问题的答案，解决方法非常简单，哈哈。

为每个所需的输出分配变量，例如：

output = cmd.align("190L", "191L")

运行 PyMOL 中的脚本原样，然后将 python 代码逐行输入其中，以“python”开始，以“python”结束结尾。”就我而言，类似于：

python
with open("rmsd.txt", "w") as f:
   f.write(output)
f.close()
python end

一个非常基本的示例，但这就是它的要点。

Answer 3

for i in pdb:
   cmd.fetch(i)
   output = open("rmsd.txt", "w")
   data = cmd.align(i, "190L")
   data = str(data)
   output.write(data)
   stored.f.close()

尝试：

for i in pdb:
   cmd.fetch(i)
   output = open("rmsd.txt", "a")
   data = cmd.align(i, "190L")
   output.write("%s\n" % data)
   output.close()

应该做这份工作

如何将 PyMOL 中的命令输出保存到 txt 文件？

How can I save command outputs in PyMOL to a txt file?

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