是否可以将 3D 数组转换为坐标系？

Question

是否可以将 3D 数组转换为坐标系？我的数组由 0 和 1 组成。如果值为 1，我想采用 xyz 坐标。最后我想把所有的坐标都输出到一个csv文件中。

import nibabel as nib

coord = []
img = nib.load('test.nii').get_fdata().astype(int)

test.nii数组：

[[[0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 1 ... 1 1 0]
  ...
  [0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 1 1 1]
  [0 1 0 ... 0 0 0]]

 [[1 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 1 ... 0 0 0]
  [0 1 0 ... 0 0 0]
  ...
  [0 1 0 ... 0 0 0]
  [0 1 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 1 0 0]]

 [[0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 0 1 0]
  [0 0 0 ... 0 0 0]
  ...
  [0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 1 0 ... 0 1 1]]

 ...

 [[0 0 0 ... 1 0 0]
  [0 0 1 ... 0 0 0]
  [0 0 1 ... 0 0 0]
  ...
  [0 0 0 ... 1 0 0]
  [0 0 0 ... 1 0 0]
  [0 0 0 ... 1 0 0]]

 [[0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 0 0 1]
  ...
  [0 1 0 ... 0 0 0]
  [1 0 0 ... 0 0 0]
  [1 0 0 ... 0 0 0]]

 [[0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 0 0 0]
  ...
  [0 0 0 ... 0 0 0]
  [0 0 0 ... 0 1 0]
  [0 1 0 ... 0 0 0]]]

Answer 1

使用np.where()您可以获得满足您条件的元素的行、列和深度索引。试试这个：

row_idx, col_idx, depth_idx = np.where(img==1)

Answer 2

这可能不一定是最好的解决方案，但让我们保持简单（如果框架为我们做到这一点会很棒，但是......好吧）：

data = [[[0, 0, 0, 0, 0, 0],
         [0, 0, 0, 0, 0, 0],
         [0, 0, 1, 1, 1, 0],
         [0, 0, 0, 0, 0, 0],
         [0, 0, 0, 1, 1, 1],
         [0, 1, 0, 0, 0, 0]],
        [[1, 0, 0, 0, 0, 0],
         [0, 0, 1, 0, 0, 0],
         [0, 1, 0, 0, 0, 0],
         [0, 1, 0, 0, 0, 0],
         [0, 1, 0, 0, 0, 0],
         [0, 0, 0, 1, 0, 0]]]

for x in range(len(data)):
    for y in range(len(data[x])):
        for z in range(len(data[x][y])):
            if data[x][y][z] == 1:
                print(f"{x} {y} {z}")

产量：

是否可以将 3D 数组转换为坐标系？

Is it possible to turn a 3D array to coordinate system?

python

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