Biopython SeqIO error: local variable 'qual' referenced before assignment
Biopython SeqIO error: local variable 'qual' referenced before assignment
我将一些样本发送到一家商业机构进行 Sanger 测序。我可以使用命令
读取他们发送的文件
from Bio import SeqIO
from Bio import Seq
rec = SeqIO.read("isolation-round4/3dr23_Forward.ab1",'abi-trim').seq
但最近因为搬家，不得不将样本送到别处进行测序。现在，如果我尝试 运行 输出相同的命令，我会得到一个错误：
UnboundLocalError: local variable 'qual' referenced before assignment 在
File "C:\Users\Anaconda3\lib\site-packages\Bio\SeqIO\AbiIO.py", line 462, in AbiIterator letter_annotations={"phred_quality": qual}
如果能帮我解决这个问题，我将不胜感激。这里有 two files，一个有效，一个无效，如果你想看一看。
在此先感谢您的帮助！
Bug 应该已经在 Biopython 1.77 中修复了
更新：参见 https://github.com/biopython/biopython/issues/3221 - 原来是 ABI 软件的一个新的意外配置生成没有质量分数的文件。
我将一些样本发送到一家商业机构进行 Sanger 测序。我可以使用命令
读取他们发送的文件from Bio import SeqIO
from Bio import Seq
rec = SeqIO.read("isolation-round4/3dr23_Forward.ab1",'abi-trim').seq
但最近因为搬家，不得不将样本送到别处进行测序。现在，如果我尝试 运行 输出相同的命令，我会得到一个错误：
UnboundLocalError: local variable 'qual' referenced before assignment 在
File "C:\Users\Anaconda3\lib\site-packages\Bio\SeqIO\AbiIO.py", line 462, in AbiIterator letter_annotations={"phred_quality": qual}
如果能帮我解决这个问题，我将不胜感激。这里有 two files，一个有效，一个无效，如果你想看一看。
在此先感谢您的帮助！
Bug 应该已经在 Biopython 1.77 中修复了
更新：参见 https://github.com/biopython/biopython/issues/3221 - 原来是 ABI 软件的一个新的意外配置生成没有质量分数的文件。