如何在没有 sudo 权限的情况下运行 HPC 上的 Popper

Question

我想执行 Popper workflow on a Linux HPC (High-performance computing) cluster. I don’t have admin/sudo rights. I know that I should use Singularity instead of Docker 因为 Singularity 被设计为不需要 sudo 到运行.

但是，singularity buildneeds sudo privileges, if not executed in fakeroot/rootless模式。

这是我在 HPC 登录节点中所做的：

我安装了 Spack (0.15.4) 和 Singularity (3.6.1):

git clone --depth=1 https://github.com/spack/spack.git
. spack/share/spack/setup-env.sh
spack install singularity
spack load singularity

我在虚拟环境中安装了 Popper (2.7.0)：

python3 -m venv ~/popper
~/popper/bin/pip install popper

我在 ~/test/wf.yml 中创建了一个示例工作流程：

steps:
  - uses: "docker://alpine:3.11"
    args: ["echo", "Hello world!"]
  - uses: "./my_image/"
    args: ["Hello number two!"]

与~/test/my_image/Dockerfile:

FROM alpine:3.11
ENTRYPOINT ["echo"]

我尝试运行登录节点中Popper工作流的两个步骤：

$ cd ~/test
$ ~/popper/bin/popper run --engine singularity --file wf.yml 1
[1] singularity pull popper_1_4093d631.sif docker://alpine:3.11
[1] singularity run popper_1_4093d631.sif ['echo', 'Hello world!']
ERROR  : Failed to create user namespace: user namespace disabled
ERROR: Step '1' failed ('1') !

$ ~/popper/bin/popper run --engine singularity --file wf.yml 2
[2] singularity build popper_2_4093d631.sif /home/bikfh/traylor/test/./my_image/
[sudo] password for traylor:

所以这两个步骤都失败了。

我的问题：

对于来自 Docker Hub 的图像：如何启用“用户命名空间”？
对于自定义映像：如何在没有 sudo 和运行容器的情况下构建映像？

Answer 1

For an image from Docker Hub: How do I enable “user namespace”?

我发现需要在主机上启用用户命名空间功能。 Here是检查是否启用的说明。

对于我使用的集群计算机 (Frankfurt Goethe HLR)，用户名称空间仅在计算节点中启用，未在登录节点中启用。这就是为什么它对我不起作用。

所以我需要使用 SLURM 发送作业（这里只是第一步，使用来自 Docker Hub 的容器）：

 ~/popper/bin/popper run --engine singularity --file wf.yml --config popper_config.yml 1

popper_config.yml 定义 options for SLURM’s sbatch (compare the Popper docs)。它们取决于您的集群计算机。就我而言，它看起来像这样：

resource_manager:
  name: slurm
  options:
    "1": # The default step ID is a number and needs quotes here.
      nodes: 1
      mem-per-cpu: 10 # MB
      ntasks: 1
      partition: test
      time: "00:01:00"

For a custom image: How do I build an image without sudo and run the container?

尝试将相同的过程应用于具有自定义 Dockerfile 的步骤 2，失败并显示此消息：

FATAL:   could not use fakeroot: no mapping entry found in /etc/subuid

我尝试在另一台计算机上使用 Popper 创建 .sif 文件（奇点图像）并将其从 ~/.cache/popper/singularity/... 复制到集群计算机。不幸的是，Popper 似乎清除了缓存文件夹，因此 .sif 图像不会保留。

如何在没有 sudo 权限的情况下运行 HPC 上的 Popper

How to run Popper on HPC without sudo rights

hpc

singularity-container

popper

如何在没有 sudo 权限的情况下 运行 HPC 上的 Popper

How to run Popper on HPC without sudo rights

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singularity-container

popper

如何在没有 sudo 权限的情况下运行 HPC 上的 Popper