无法安装 rvest 包
unable to install rvest package
我需要为 R 版本 3.1.2 (2014-10-31) 安装 rvest 包
我收到这些错误：
checking whether the C++ compiler supports the long long type... no
*** stringi cannot be built. Upgrade your C++ compiler's settings
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringi’
ERROR: dependency ‘stringi’ is not available for package ‘stringr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/httr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘selectr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/selectr’
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘selectr’ are not available for package ‘rvest’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/rvest’
关于如何安装 R 包 rvest 有什么想法吗？
我能够像这样构建 stringi 包：
install.packages('stringi', configure.args='--disable-cxx11')
我的系统是 Ubuntu 14.04 和 R:3.2.3，我遇到了同样的问题。
然后我检查了 err meg 并尝试安装 libcurl4-openssl-dev 和 libxml2-dev 的库：
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
安装后，install.packages("rvest")成功。
这个问题我的回答肯定晚了。不过，有人可能会觉得它有用。
我 运行 遇到了同样的问题所以我 运行 在 shell 上执行此命令：
sudo apt-get upgrade pkg-config
对我有用。
当我尝试在 Rstudio 1.1.456 版 Ubuntu 18.04[= 上安装 tidyverse, DESeq2, RUVSeq 时，我需要 Rcurl, XML, rvest, xml2 等依赖项37=]。无论如何，有一堆缺失的依赖项。这个答案可能更适合作为 Ubuntu 18.04 的评论，但我没有那么多声誉。因此，这里只是尝试总结适用于 Ubuntu 18.04 的解决方案。
在终端中，运行:
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
然后在 Rstudio 中，
install.packages("xml2")
install.packages("rvest")
install.packages("tidyverse") # might need other dependencies installed in Rstudio
得到了tidyverse！
在终端中：
sudo apt-get install libmysqlclient-dev ## for RMySQL
然后在 Rstudio 中
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq2")
biocLite('RUVSeq') ## might have messages as following
installation path not writeable, unable to update packages: cluster, foreign, MASS, Matrix, mgcv, nlme, survival
在终端中：
sudo R ## give R the root permission
## in the R session within the terminal
pks <- c('cluster', 'foreign', 'MASS', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'survival')
install.packages(pks)
q()
这是我自己的经历。希望这个有很好的泛化能力。
我需要为 R 版本 3.1.2 (2014-10-31) 安装 rvest 包
我收到这些错误：
checking whether the C++ compiler supports the long long type... no
*** stringi cannot be built. Upgrade your C++ compiler's settings
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringi’
ERROR: dependency ‘stringi’ is not available for package ‘stringr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/stringr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/httr’
ERROR: dependency ‘stringr’ is not available for package ‘selectr’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/selectr’
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘selectr’ are not available for package ‘rvest’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/rvest’
关于如何安装 R 包 rvest 有什么想法吗？
我能够像这样构建 stringi 包：
install.packages('stringi', configure.args='--disable-cxx11')
我的系统是 Ubuntu 14.04 和 R:3.2.3，我遇到了同样的问题。
然后我检查了 err meg 并尝试安装 libcurl4-openssl-dev 和 libxml2-dev 的库：
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
安装后，install.packages("rvest")成功。
这个问题我的回答肯定晚了。不过，有人可能会觉得它有用。
我 运行 遇到了同样的问题所以我 运行 在 shell 上执行此命令：
sudo apt-get upgrade pkg-config
对我有用。
当我尝试在 Rstudio 1.1.456 版 Ubuntu 18.04[= 上安装 tidyverse, DESeq2, RUVSeq 时，我需要 Rcurl, XML, rvest, xml2 等依赖项37=]。无论如何，有一堆缺失的依赖项。这个答案可能更适合作为 Ubuntu 18.04 的评论，但我没有那么多声誉。因此，这里只是尝试总结适用于 Ubuntu 18.04 的解决方案。
在终端中，运行:
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
然后在 Rstudio 中，
install.packages("xml2")
install.packages("rvest")
install.packages("tidyverse") # might need other dependencies installed in Rstudio
得到了tidyverse！
在终端中：
sudo apt-get install libmysqlclient-dev ## for RMySQL
然后在 Rstudio 中
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq2")
biocLite('RUVSeq') ## might have messages as following
installation path not writeable, unable to update packages: cluster, foreign, MASS, Matrix, mgcv, nlme, survival
在终端中：
sudo R ## give R the root permission
## in the R session within the terminal
pks <- c('cluster', 'foreign', 'MASS', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'survival')
install.packages(pks)
q()
这是我自己的经历。希望这个有很好的泛化能力。