为 Gephi 可视化存储具有位置和权重属性的 networkx 图

Store networkx graph with location and weight attributes for Gephi visualization

给定数据集 X 和权重矩阵 W,networkx 图 G 由

给出
G = nx.Graph(W.todense())
pos = {i: list(p) for i, p in enumerate(X)}
nx.set_node_attributes(G, pos, 'pos') 

图G具有以下结构:

我们能否以这种方式存储具有属性权重和节点位置的图 G,以便在 Gephi 中加载 G 并使用这些属性可视化图?

提前谢谢你。

您已经定义了节点的属性,所以您只需要通过以下代码将其保存为Gephi可接受的文件:

nx.write_gexf(
G,
path,
encoding='utf-8',
prettyprint=True)

顺便说一句,稍后,您可以将任何属性分配给 .csv 格式的节点或边,然后读取它们并将它们添加到 Gephi 中的当前图形(这可能是另一种选择)