如何从 R 中的 mppm 中找出参数

Question

我正在使用 R 中的 spatstat 库。

我有几个用我自己构建的点图案对象 dataset。点模式仅包含其中点的 x 和 y 坐标。我想将点模式与 Gibbs 过程 和 Strauss 交互 相匹配，以构建模型并模拟类似的点模式。如果我一次使用一个点模式，我可以为此目的使用 ppm 函数。我对从 ppm 函数返回的 ppm 对象使用了 rmhmodel 函数。 rmhmodel 函数给了我参数 beta、gamma 和 r，我需要在 rStrauss 函数中进一步使用它们来模拟新的点模式。仅供参考，我没有直接使用 simulate 函数，因为我希望新的模拟点模式具有模拟不给我的灵活点数。

现在，如果我想使用我拥有的所有点模式，我可以构建一个 hyperframe 点模式，如 复制点模式 章节中所述Baddeley 教科书的，但它需要 mppm 函数而不是 ppm 函数来拟合模型，并且 mppm 无法使用 rmhmodel 当我试图找出模型参数 beta、gamma 和 r.

如何从 mppm 对象中提取合适的 beta、gamma 和 r？

Answer 1

有几种方法可以做到这一点。

如果您 print 拟合模型（从 ppm 或 mppm 获得）只需键入对象的名称，打印输出包含拟合模型的描述包括模型参数。

如果将函数 parameters 应用于从 ppm 获得的拟合模型，您将获得具有适当名称的参数值列表。

fit <- ppm(cells ~ 1, Strauss(0.12))
fit
parameters(fit)

对于从 mppm 获得的模型，可能有不同的参数值应用于数据超帧的每一行，因此您必须执行 lapply(subfits(model), parameters)，结果是一个列表超帧的每一行一个条目，包含与每一行相关的参数。

A <- hyperframe(Bugs=waterstriders)
mfit <- mppm(Bugs ~ 1, data=A, Strauss(5))
lapply(subfits(mfit), parameters)

或者，您可以通过 coef 提取规范参数并将它们转换为自然参数。

您写道：

I am not using the simulate function directly as I want the new simulated point pattern to have flexible number of points that simulate does not give me.

这不可能是对的。函数 simulate.mppm 生成具有可变点数的模拟实现。试试 simulate(mfit).

如何从 R 中的 mppm 中找出参数

How to figure out the parameters from mppm in R

r

spatstat