从现有 docker 图像扩展奇点图像的问题

Question

我尝试用我的定义文件扩展 pytorch docker image nnunet.def:

Bootstrap: docker
From: pytorch/pytorch:1.4-cuda10.1-cudnn7-runtime

%post
    git clone https://github.com/NVIDIA/apex
    cd apex
    pip install -v --no-cache-dir ./

%runscript
    echo "Running nnunet container..."

但是，当我构建此映像（使用 sudo singularity build image.sif nnunet.def）时，我收到一条错误消息，指出未找到 pip：

...
+ pip install -v --no-cache-dir ./
/.build-script-post: 6: /.build-script-post: pip: not found
FATAL:   failed to execute %post proc: exit status 127
FATAL:   While performing build: while running engine: while running /usr/local/libexec/singularity/bin/starter: exit status 255

为什么？

更令人惊讶的是，当我直接从这张图片输入 shell 时： singularity shell docker://pytorch/pytorch:1.4-cuda10.1-cudnn7-runtime

我使用 pip 没问题:

Singularity> pip freeze
asn1crypto==1.2.0
backcall==0.1.0
...

为什么我不能在定义文件的 %post 部分使用 pip？

Answer 1

简短回答：%post 中 $PATH 的值与运行中 shell 中的值不同，因此它不知道去哪里看

如果您查看 pip 在 docker 或奇点图像中的位置 (which pip)，它位于 /opt/conda/bin/pip。 %post 中使用的默认路径是 /bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin.

当您看到一个错误，指出当运行作为脚本的一部分时命令不可用，但当您运行交互时，它几乎总是一个环境问题并且 [= 16=、PYTHONPATH、PERL5LIB等是常见的罪魁祸首。

如果将 export PATH=/opt/conda/bin:$PATH 添加到 %post 块的开头，应该可以解决此问题。

从现有 docker 图像扩展奇点图像的问题

Problem to extend a Singularity image from an existing docker image

python

docker

singularity-container