重新排列两列，使相似的元素在一列中

Question

我有一个看起来很简单的问题。我只是想不出如何搜索执行此操作的函数（或找到已经被问过的类似问题的方法：-/）。我目前有一个如下所示的数据框：

sp1                           sp2                            dist
Viola_canadensis_ott1089589 Dasiphora_fruticosa_ott782136   8.043604e-311
Viola_nuttallii_ott203476   Dasiphora_fruticosa_ott782136   6.702821e-311
Parnassia_fimbriata_ott1035577  Dasiphora_fruticosa_ott782136   4.691921e-311
Paxistima_myrsinites_ott381954  Dasiphora_fruticosa_ott782136   4.692195e-311
Dasiphora_fruticosa_ott782136   Sibbaldia_procumbens_ott176706  1.340783e-311
Dasiphora_fruticosa_ott782136   Fragaria_virginiana_ott1004791  2.680745e-311
Dasiphora_fruticosa_ott782136   Fragaria_vesca_ott852873    2.681018e-311
Dasiphora_fruticosa_ott782136   Geum_rossii_ott255461   2.681292e-311

这个框架只有 3 列，大约。 11000 行。请注意，我有 50 个物种想要 'move' 以与该物种和 ca 相同的方式部分添加到 sp1 列。 250 种移至 sp2 列；我已经把这 50 个物种放在一个向量中了。

我想做的是重新排列数据框，使其看起来像这样：

sp1                           sp2                            dist
Dasiphora_fruticosa_ott78213    Viola_canadensis_ott1089589 8.043604e-311
Dasiphora_fruticosa_ott78213    Viola_nuttallii_ott203476   6.702821e-311
Dasiphora_fruticosa_ott78213    Parnassia_fimbriata_ott1035577  4.691921e-311
Dasiphora_fruticosa_ott78213    Paxistima_myrsinites_ott381954  4.692195e-311
Dasiphora_fruticosa_ott782136   Sibbaldia_procumbens_ott176706  1.340783e-311
Dasiphora_fruticosa_ott782136   Fragaria_virginiana_ott1004791  2.680745e-311
Dasiphora_fruticosa_ott782136   Fragaria_vesca_ott852873    2.681018e-311
Dasiphora_fruticosa_ott782136   Geum_rossii_ott255461   2.681292e-311

我知道这对于 dplyr 来说一定很简单！！！！我以前没有遇到过这样的问题。

如果需要，这里有一个更长的例子：

key_species <- c("Dasiphora_fruticosa_ott782136", "Erythronium_grandiflorum_ott653293")

        sp1                            sp2                                 dist
    Aquilegia_elegantula_ott668865  Erythronium_grandiflorum_ott653293  6.703914e-312
    Aquilegia_coerulea_ott192307    Erythronium_grandiflorum_ott653293  6.703914e-312
    Corydalis_caseana_ott3944909    Erythronium_grandiflorum_ott653293  6.703914e-312
    Erythronium_grandiflorum_ott653293  Selaginella_densa_ott1095392    6.701177e-312
    Erythronium_grandiflorum_ott653293  Selaginella_scopulorum_ott5923066   6.701177e-312
    Erythronium_grandiflorum_ott653293  Blepharostoma_trichophyllum_ott390604   1.340235e-311
    Viola_canadensis_ott1089589 Dasiphora_fruticosa_ott782136   8.043604e-311
    Viola_nuttallii_ott203476   Dasiphora_fruticosa_ott782136   6.702821e-311
    Parnassia_fimbriata_ott1035577  Dasiphora_fruticosa_ott782136   4.691921e-311
    Paxistima_myrsinites_ott381954  Dasiphora_fruticosa_ott782136   4.692195e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott782136   Sibbaldia_procumbens_ott176706  1.340783e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott782136   Fragaria_virginiana_ott1004791  2.680745e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott782136   Fragaria_vesca_ott852873    2.681018e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott782136   Geum_rossii_ott255461   2.681292e-311

期望的结果：

        sp1                            sp2                                 dist
    Erythronium_grandiflorum_ott653293  Aquilegia_elegantula_ott668865  6.703914e-312
    Erythronium_grandiflorum_ott653293  Aquilegia_coerulea_ott192307    6.703914e-312
    Erythronium_grandiflorum_ott653293   Corydalis_caseana_ott3944909   6.703914e-312
    Erythronium_grandiflorum_ott653293  Selaginella_densa_ott1095392    6.701177e-312
    Erythronium_grandiflorum_ott653293  Selaginella_scopulorum_ott5923066   6.701177e-312
    Erythronium_grandiflorum_ott653293  Blepharostoma_trichophyllum_ott390604   1.340235e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott78213    Viola_canadensis_ott1089589 8.043604e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott78213    Viola_nuttallii_ott203476   6.702821e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott78213    Parnassia_fimbriata_ott1035577  4.691921e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott78213    Paxistima_myrsinites_ott381954  4.692195e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott782136   Sibbaldia_procumbens_ott176706  1.340783e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott782136   Fragaria_virginiana_ott1004791  2.680745e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott782136   Fragaria_vesca_ott852873    2.681018e-311
    Dasiphora_fruticosa_ott782136   Geum_rossii_ott255461   2.681292e-311

抱歉，如果这是转贴，我真的想不出一个好的方法来制定搜索以查找类似问题。

Answer 1

我会尝试创建新的 sp 列，而不是修改现有的列。然后，当它们看起来不错时，您可以删除旧列并重命名新列。

data %>%
  mutate(new_sp1 = case_when(
      sp1 %in% key_species ~ sp1,
      sp2 %in% key_species ~ sp2,
      TRUE ~ NA_character_
    ),
    new_sp2 = case_when(
      sp1 %in% key_species ~ sp2,
      sp2 %in% key_species ~ sp1,
      TRUE ~ NA_character_
    )
)

重新排列两列，使相似的元素在一列中

Rearranging two columns so that like elements are in one column

r

dplyr

data-wrangling