将包附加到 R 中的 "temporary" 搜索路径

Question

在函数内部，我正在获取脚本：

f <- function(){
  source("~/Desktop/sourceme.R") # source someone elses script
  # do some stuff to the variables read in
}
f()
search() # library sourceme.R attaches is all the way in the back!

不幸的是，我正在采购的脚本并不完全在我的控制之下。他们调用 library(somePackage)，这会污染搜索路径。

如果 sourceme.R 的作者希望 he/she 附加的包位于全局环境的顶部 level/close，这主要是个问题。如果我自己附上了一些屏蔽了一些函数名称的包 he/she 期望可用，那就不好了。

有没有一种方法可以获取脚本的源代码，但不知何故可以创建我自己的临时搜索路径，该路径在函数完成后“重置”运行？

Answer 1

一种方法是“快照”您当前的搜索路径并稍后尝试return：

search.snapshot <- local({
  .snap <- character(0)
  function(restore = FALSE) {
    if (restore) {
      if (is.null(.snap)) {
        return(character(0))
      } else {
        extras <- setdiff(search(), .snap)
        # may not work if DLLs are loaded
        for (pkg in extras) {
          suppressWarnings(detach(pkg, character.only = TRUE, unload = TRUE))
        }
        return(extras)
      }
    } else .snap <<- search()
  }
})

进行中：

search.snapshot()                                  # store current state
get(".snap", envir = environment(search.snapshot)) # view snapshot
#  [1] ".GlobalEnv"        "ESSR"              "package:stats"    
#  [4] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"    
#  [7] "package:datasets"  "package:r2"        "package:methods"  
# [10] "Autoloads"         "package:base"     
library(ggplot2)
library(zoo)
# Attaching package: 'zoo'
# The following objects are masked from 'package:base':
#     as.Date, as.Date.numeric
library(dplyr)
# Attaching package: 'dplyr'
# The following objects are masked from 'package:stats':
#     filter, lag
# The following objects are masked from 'package:base':
#     intersect, setdiff, setequal, union
search()
#  [1] ".GlobalEnv"        "package:dplyr"     "package:zoo"      
#  [4] "package:ggplot2"   "ESSR"              "package:stats"    
#  [7] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"    
# [10] "package:datasets"  "package:r2"        "package:methods"  
# [13] "Autoloads"         "package:base"     

search.snapshot(TRUE)                              # returns detached packages
# [1] "package:dplyr"   "package:zoo"     "package:ggplot2"

search()
#  [1] ".GlobalEnv"        "ESSR"              "package:stats"    
#  [4] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"    
#  [7] "package:datasets"  "package:r2"        "package:methods"  
# [10] "Autoloads"         "package:base"

我有点自信（未经验证）这并不总是适用于所有包，可能是由于 and/or 加载的 DLL 的依赖性。您可以尝试将 force=TRUE 添加到 detach 调用中，不确定这样做是否会更好或者可能有其他不受欢迎的 side-effects.

Answer 2

我会考虑使用 callr 包在单独的 R 进程中获取脚本，然后 return 由来源文件创建的环境。

通过使用单独的 R 进程，这将防止您的搜索路径被污染。我猜想在您确实想要的全局环境中可能会有一些副作用（例如定义变量的新函数）。 source 函数的 local 参数允许您指定解析脚本的执行位置。如果您 return 来自其他 R 进程的这个环境，您可以访问您需要的任何结果。

不确定你的是什么样子，但说我有这个文件可以修改搜索路径：

# messWithSearchPath.R

library(dplyr)

a <- data.frame(groupID = rep(1:3, 10), value = rnorm(30))

b <- a %>% 
  group_by(groupID) %>% 
  summarize(agg = sum(value))

从我的顶级脚本中，我将编写一个包装函数以在新环境中获取它并让 callr 执行此函数：

RogueScript <- function(){
  
  rogueEnv <- new.env()
  
  source("messWIthSearchPath.R", local = rogueEnv)
  
  rogueEnv
  
}

before <- search()

scriptResults <- callr::r(RogueScript)

scriptResults$b
#>   groupID       agg
#> 1       1 -2.871642
#> 2       2  3.368499
#> 3       3  1.159509

identical(before, search())
#> [1] TRUE

如果脚本有其他副作用（例如设置选项或建立外部连接），此方法可能不起作用。可能有变通方法，具体取决于它们的用途，但如果您只想创建 variables/functions，这应该可行。它还可以防止脚本相互冲突，而不仅仅是您的顶级脚本。

将包附加到 R 中的 "temporary" 搜索路径

attaching packages to a "temporary" search path in R

r

r-environment