如何提取所有年份的价值？

Question

我遵循以下给出的代码：https://github.com/CornellLabofOrnithology/ebird-best-practices/blob/master/03_covariates.Rmd

到达此代码时：

# extract landcover values within neighborhoods, only needed most recent year
lc_extract_ext <- landcover[[paste0("y", max_lc_year)]] %>% 
                  exact_extract(r_cells, progress = FALSE)
lc_extract_cnt <- map(lc_extract_ext, ~ count(., landcover = value)) %>% 
                  tibble(id = r_cells$id, data = .)
lc_extract_pred <- unnest(lc_extract_cnt, data)

我希望提取所有年份的社区内的土地覆盖值。

我没有使用这段代码 max_lc_year，而是使用了这个：

# I have thought of using
 all_lc_year <- names(landcover) %>% 
                str_extract("[0-9]{4}") %>% 
                as.integer()

然而，要提取所有年份，returns 这段代码出现此错误：

lc_extract_cnt <- map(lc_extract_ext, ~ count(., landcover = value)) %>% 
                  tibble(id = r_cells$id, data = .)

Error: Problem with mutate() input landcover. x object 'value' not found i Input landcover is value.

我想我需要循环，无论是使用 map 还是 for 循环，多年来并将生成的数据帧绑定在一起。

编辑：注意到前面的步骤不起作用。他们在这里，正在工作并已更正！

我已将 landcover .tif 文件上传到我的 Github 此处： https://github.com/lime-n/Landcover.git

然后您可以实现此代码以在 R 中将它们堆叠在一起：

library(sf)
library(raster)
library(exactextractr)
library(viridis)
library(tidyverse)
# resolve namespace conflicts
select <- dplyr::select
map <- purrr::map
projection <- raster::projection


landcover <- list.files("insert_folder_name_here", "^modis_mcd12q1_umd", 
                        full.names = TRUE) %>% 
             stack()
# label layers with year
landcover <- names(landcover) %>% 
             str_extract("(?<=modis_mcd12q1_umd_)[0-9]{4}") %>% 
             paste0("y", .) %>% 
             setNames(landcover, .)
landcover

neighborhood_radius <- 5 * ceiling(max(res(landcover))) / 2
我已将 r 数据上传到我的 github 此处以生成 r_cells 数据：https://github.com/lime-n/Landcover/blob/master/prediction-surface.tif

和以下代码获取 r_cells:

r <- raster("data/prediction-surface.tif")
r_centers <- rasterToPoints(r, spatial = TRUE) %>% 
             st_as_sf() %>% 
             transmute(id = row_number())
r_cells <- st_buffer(r_centers, dist = neighborhood_radius)

我了解下载和实施过程可能需要几分钟时间。然而，这段代码已经困扰我好几个星期了！感谢您的帮助。

Answer 1

发现使用 all_lc_year[1], all_lc_year[2] etc ... 为每一年单独编写代码，然后使用 rbind(lc_extract_pred, lc_extract_pred_two, lc_extract_pred_three #...etc)

组合所有行

编辑:

我发现在这段代码中：

lc_extract_cnt <- map(lc_extract_ext, ~ count(., landcover = value)) %>% 
                  tibble(id = r_cells$id, data = .)

类似的问题已经提到here

我尝试在单个列下分配许多不同的列 landcover 这就是代码从未工作的原因。通过将 landcover 替换为函数 count 所需的列名，并从

中获取

lc_extract_ext <- landcover %>%

而不是包含所有列的最大年份。

如何提取所有年份的价值？

How to extract values across all years?

r

r-raster