在 R 中，无法在包 Vignette 文件中编写相同的代码。 "list" 无法强制对象类型为整数
In R, the same code cannot be knit out in package Vignette file. "list" object cannot be coerced to type integer
这个问题是关于包 GRATIS 中的 generate_msts() 函数的。
我添加了一些新内容（使函数具有将其输出转换为可爱的 tsibble 格式或保留原始“列表”格式的选项）并准备更新到 CRAN。
新代码添加如下（问题底部显示示例代码的详细信息）
我想知道我应该得到一个索引吗？但是生成的数据好像没有索引？
output <- if (output_format == "list") {
res #this is output name defined before
} else if (output_format == "tsibble") {
as_tsibble(res)
}
return(output)
}
作为指导，我在 Vignette 中更新了此函数的相应示例。然后事情变得有线了。
如果我没有保存生成的时间序列输出（例如 x <- my_function()），vignette
无法编织。 （不过，我可以直接在一个独立的普通RMD文件中使用这个功能）
直接使用这段代码可以在RStudio中显示输出，但是不能knit出来。
my_function(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
Error in Fun(X[[i]],...): 'list' object cannot be coerced to type 'integer' Calls: <Anonymous>...
as.data.frame -> head -> head.data.frame -> lappy -> FUN Execution halted.
但是，这很好用。它可以编织出小插图并显示出tsibble的头部。
x <- my_function(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
head(x)
但是每次都要先保存再使用，这样很不方便。我想知道这是不是因为我在包中使用了任何默认设置，或者小插图没有改变？或者在我更改 R 包中的函数后我需要做一些额外的步骤？或者连我添加的if else内容都需要改进？
我已经尝试devtools::document("C:/Users/mreal/Documents/GitHub/package_name");devtools::install("C:/Users/mreal/Documents/GitHub/package_name")更新重建功能。但这仍然无济于事。
我也在 console 中尝试了 rm(list=ls())。它也不起作用
我在小插图中使用的代码如下
Github link:
https://github.com/BocongZhao823/gratis/blob/master/vignettes/QuickStart.Rmd
---
title: "Introduction to gratis"
author: "Bocong Zhao"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
%\VignetteIndexEntry{Introduction to gratis}
%\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
%\VignetteEncoding{UTF-8}
---
{r initial, echo = FALSE, cache = FALSE, results = 'hide'}
library(knitr)
opts_chunk$set(
warning = FALSE, message = FALSE, echo = TRUE,
fig.width = 7, fig.height = 6, fig.align = 'centre',
comment = "#>"
)
original <- options("tibble.print_min")
options(tibble.print_min = 5)
# <---- Do stuff with changed option, e.g. print some tibbles ---->
options(tibble.print_min = original)
{r, message=FALSE, include = FALSE}
library(forecast)
library(tsibble)
{r setup}
# load package
library(gratis)
## Generate mutiple seasonal time series
Time series can exhibit multiple seasonal pattern of different length, especially when series observed at a high frequency such as daily or hourly data.
We use function **generate_msts()** to generate mutiple seasonal time series.
**Definitions**
Here are the definitions of parameter settings in function generate_msts():
|parameter settings | Definition|
|:----|:-----|
|seasonal.periods | a vector of seasonal periods of the time series to be generated|
|nComp|number of mixing components when simulating time series using MAR models|
|n |length of the generated time series|
**Example**
Suppose we want to use MAR model to generate a time series with **2** mixing components and the length **800** from random parameter spaces. Particularly, this time series has two seasonal periods **7** and **365**.
{r fig.height = 6, fig.width = 7}
# Generate mutiple seasonal time series with 'tsibble' output format
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
head(x)
**Plot time series**
{r fig.height = 6, fig.width = 7}
# Generate mutiple seasonal time series with 'list' output format
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="list")
autoplot(x)
(generated.R file) 包内使用的R代码如下
** Github link**
https://github.com/BocongZhao823/gratis/blob/master/R/generate_ts.R
#' Generate mutiple seasonal time series from random parameter spaces of the mixture autoregressive (MAR) models.
#'
#' Generate mutiple seasonal time series from random parameter spaces of the mixture autoregressive (MAR) models.
#' @param seasonal.periods a vector of seasonal periods of the time series to be generated.
#' @param n length of the generated time series.
#' @param nComp number of mixing components when simulating time series using MAR models.
#' @param output_format An optional argument which allows to choose output format between "list" and "tsibble"
#' @return a time series with multiple seasonal periods.
#' @export
#' @examples
#' x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2, output_format= "list")
#' forecast::autoplot(x)
generate_msts <- function(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = NULL,output_format="list") {
x.list <- map(seasonal.periods, function(p) {
generate_ts(n.ts = 1, freq = p, n = n, nComp = nComp)$N1$x
})
names(x.list) <- paste0("Season", seasonal.periods)
x.list[1:(length(x.list) - 1)] <- lapply(x.list[1:(length(x.list) - 1)], function(x) {
x - trendcycle(stl(x, "per"))
})
weights <- msts_weights(length(seasonal.periods))
res <- as_tibble(scale(x.list %>% bind_cols())[, ]) %>%
mapply("*", ., weights) %>%
as_tibble() %>%
mutate(x = rowSums(.)) %>%
select(x) %>%
msts(seasonal.periods = seasonal.periods)
# New content
output <- if (output_format == "list") {
res
} else if (output_format == "tsibble") {
as_tsibble(res)
}
return(output)
}
# ===========================================================================
# Simulated weights for the simulation of msts
# ===========================================================================
msts_weights <- function(n.periods) {
gamma <- runif(n.periods, 0)
weights <- gamma / sum(gamma)
return(weights)
}
我试着 运行 为您解决这个问题 - 我的第一个猜测是 NAMESPACE 问题。但它似乎也与generate_msts()功能有关。
我真的不认为这与首先将其保存到变量有关x。
这是我的发现：
不工作：
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
x
不工作：
print(generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble"))
不工作：
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
print(x)
作品：
head(generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble"))
在失败的情况下，总是出现与您相同的错误消息：
Error: processing vignette 'QuickStart.Rmd' failed with diagnostics:
'list' object cannot be coerced to type 'integer'
因此，由于 head()、str()、class() 一直对我有用，而 只有 print() 没有用 ，我我假设这是打印功能的问题。因此，将其保存到变量 x 中的解决方法只能正常工作，因为您没有调用打印函数。
同样重要 只有在 Rmarkdown 中使用 generate_msts() 时我才会遇到这个问题。正如我稍后解释的那样，这似乎是合理的，因为在 knitr 中打印与在控制台上打印不同。
当我更改您的 generate_msts() 并重建包时：
output <- if (output_format == "list") {
res
} else if (output_format == "tsibble") {
tsibble(date = as.Date("2017-01-01") + 0:9,value = rnorm(10))
}
Rmarkdown 突然 运行s 没有错误。
我的猜测是 print() 与 knitr 交互时的特定数据有问题。
在 knitr 中打印似乎与在控制台上打印不同（可能是它在没有 rmarkdown 的情况下工作的原因）
这是关于自定义打印方法和 knitr 的精彩 link：
https://cran.r-project.org/web/packages/knitr/vignettes/knit_print.html
Before knitr v1.6, printing objects in R code chunks basically emulates the R console.
我可以想象来自 tsibble 包的 knit_print 的 S3 方法（它只使用 tibble 中的所有打印方法？）可能对您的特定数据集无法正常工作（我的意思是它适用于 tsibble我用 tsibble() 创建）。但只是一个（疯狂的？）猜测......错误和整体行为真的很奇怪......
编辑：
这也是错误的 R Markdown 调用堆栈：
1. ├─base::print(x)
2. └─tibble:::print.tbl(x)
3. ├─cli::cat_line(format(x, ..., n = n, width = width, n_extra = n_extra))
4. │ └─base::paste0(..., collapse = "\n")
5. ├─base::format(x, ..., n = n, width = width, n_extra = n_extra)
6. └─tsibble:::format.tbl_ts(x, ..., n = n, width = width, n_extra = n_extra)
7. ├─base::format(trunc_mat(x, n = n, width = width, n_extra = n_extra))
8. └─tibble::trunc_mat(x, n = n, width = width, n_extra = n_extra)
9. ├─base::as.data.frame(head(x, n))
10. ├─utils::head(x, n)
11. └─utils:::head.data.frame(x, n)
12. └─base::lapply(...)
13. └─utils:::FUN(X[[i]], ...)
对你来说应该是相似的，但如果你想自己得到这个，你必须对你的 rmarkdown 文档执行以下命令
options(rlang_trace_top_env = rlang::current_env())
options(error = function() {
sink()
print(rlang::trace_back(bottom = sys.frame(-1)), simplify = "none")
})
但是在callstack中可以看到，错误是由base::print(x)引起的，它调用了S3方法tibble:::print.tbl(x)，然后这个方法在内部调用 tsibble:::format.tbl_ts，它调用 tibble::trunc_mat，...并在内部某处引起错误。
好的...我继续沿着这条路走下去...最终这些函数调用中的混乱是您在开始时设置的 knitr 选项。
您在 rmarkdown 的开头写：
original <- options("tibble.print_min")
options(tibble.print_min = 5)
# <---- Do stuff with changed option, e.g. print some tibbles ---->
options(tibble.print_min = original)
将此更改为：
options(tibble.print_min = 5)
应该可以了。
这个问题是关于包 GRATIS 中的 generate_msts() 函数的。
我添加了一些新内容（使函数具有将其输出转换为可爱的 tsibble 格式或保留原始“列表”格式的选项）并准备更新到 CRAN。
新代码添加如下（问题底部显示示例代码的详细信息）
我想知道我应该得到一个索引吗？但是生成的数据好像没有索引？
output <- if (output_format == "list") {
res #this is output name defined before
} else if (output_format == "tsibble") {
as_tsibble(res)
}
return(output)
}
作为指导，我在 Vignette 中更新了此函数的相应示例。然后事情变得有线了。
如果我没有保存生成的时间序列输出（例如 x <- my_function()），vignette 无法编织。 （不过，我可以直接在一个独立的普通RMD文件中使用这个功能）
直接使用这段代码可以在RStudio中显示输出，但是不能knit出来。
my_function(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
Error in Fun(X[[i]],...): 'list' object cannot be coerced to type 'integer' Calls: <Anonymous>...
as.data.frame -> head -> head.data.frame -> lappy -> FUN Execution halted.
但是，这很好用。它可以编织出小插图并显示出tsibble的头部。
x <- my_function(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
head(x)
但是每次都要先保存再使用，这样很不方便。我想知道这是不是因为我在包中使用了任何默认设置，或者小插图没有改变？或者在我更改 R 包中的函数后我需要做一些额外的步骤？或者连我添加的if else内容都需要改进？
我已经尝试devtools::document("C:/Users/mreal/Documents/GitHub/package_name");devtools::install("C:/Users/mreal/Documents/GitHub/package_name")更新重建功能。但这仍然无济于事。
我也在 console 中尝试了 rm(list=ls())。它也不起作用
我在小插图中使用的代码如下
Github link:
https://github.com/BocongZhao823/gratis/blob/master/vignettes/QuickStart.Rmd
---
title: "Introduction to gratis"
author: "Bocong Zhao"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
%\VignetteIndexEntry{Introduction to gratis}
%\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
%\VignetteEncoding{UTF-8}
---
{r initial, echo = FALSE, cache = FALSE, results = 'hide'}
library(knitr)
opts_chunk$set(
warning = FALSE, message = FALSE, echo = TRUE,
fig.width = 7, fig.height = 6, fig.align = 'centre',
comment = "#>"
)
original <- options("tibble.print_min")
options(tibble.print_min = 5)
# <---- Do stuff with changed option, e.g. print some tibbles ---->
options(tibble.print_min = original)
{r, message=FALSE, include = FALSE}
library(forecast)
library(tsibble)
{r setup}
# load package
library(gratis)
## Generate mutiple seasonal time series
Time series can exhibit multiple seasonal pattern of different length, especially when series observed at a high frequency such as daily or hourly data.
We use function **generate_msts()** to generate mutiple seasonal time series.
**Definitions**
Here are the definitions of parameter settings in function generate_msts():
|parameter settings | Definition|
|:----|:-----|
|seasonal.periods | a vector of seasonal periods of the time series to be generated|
|nComp|number of mixing components when simulating time series using MAR models|
|n |length of the generated time series|
**Example**
Suppose we want to use MAR model to generate a time series with **2** mixing components and the length **800** from random parameter spaces. Particularly, this time series has two seasonal periods **7** and **365**.
{r fig.height = 6, fig.width = 7}
# Generate mutiple seasonal time series with 'tsibble' output format
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
head(x)
**Plot time series**
{r fig.height = 6, fig.width = 7}
# Generate mutiple seasonal time series with 'list' output format
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="list")
autoplot(x)
(generated.R file) 包内使用的R代码如下
** Github link**
https://github.com/BocongZhao823/gratis/blob/master/R/generate_ts.R
#' Generate mutiple seasonal time series from random parameter spaces of the mixture autoregressive (MAR) models.
#'
#' Generate mutiple seasonal time series from random parameter spaces of the mixture autoregressive (MAR) models.
#' @param seasonal.periods a vector of seasonal periods of the time series to be generated.
#' @param n length of the generated time series.
#' @param nComp number of mixing components when simulating time series using MAR models.
#' @param output_format An optional argument which allows to choose output format between "list" and "tsibble"
#' @return a time series with multiple seasonal periods.
#' @export
#' @examples
#' x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2, output_format= "list")
#' forecast::autoplot(x)
generate_msts <- function(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = NULL,output_format="list") {
x.list <- map(seasonal.periods, function(p) {
generate_ts(n.ts = 1, freq = p, n = n, nComp = nComp)$N1$x
})
names(x.list) <- paste0("Season", seasonal.periods)
x.list[1:(length(x.list) - 1)] <- lapply(x.list[1:(length(x.list) - 1)], function(x) {
x - trendcycle(stl(x, "per"))
})
weights <- msts_weights(length(seasonal.periods))
res <- as_tibble(scale(x.list %>% bind_cols())[, ]) %>%
mapply("*", ., weights) %>%
as_tibble() %>%
mutate(x = rowSums(.)) %>%
select(x) %>%
msts(seasonal.periods = seasonal.periods)
# New content
output <- if (output_format == "list") {
res
} else if (output_format == "tsibble") {
as_tsibble(res)
}
return(output)
}
# ===========================================================================
# Simulated weights for the simulation of msts
# ===========================================================================
msts_weights <- function(n.periods) {
gamma <- runif(n.periods, 0)
weights <- gamma / sum(gamma)
return(weights)
}
我试着 运行 为您解决这个问题 - 我的第一个猜测是 NAMESPACE 问题。但它似乎也与generate_msts()功能有关。
我真的不认为这与首先将其保存到变量有关x。
这是我的发现：
不工作：
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
x
不工作：
print(generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble"))
不工作：
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
print(x)
作品：
head(generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble"))
在失败的情况下，总是出现与您相同的错误消息：
Error: processing vignette 'QuickStart.Rmd' failed with diagnostics: 'list' object cannot be coerced to type 'integer'
因此，由于 head()、str()、class() 一直对我有用，而 只有 print() 没有用 ，我我假设这是打印功能的问题。因此，将其保存到变量 x 中的解决方法只能正常工作，因为您没有调用打印函数。
同样重要 只有在 Rmarkdown 中使用 generate_msts() 时我才会遇到这个问题。正如我稍后解释的那样，这似乎是合理的，因为在 knitr 中打印与在控制台上打印不同。
当我更改您的 generate_msts() 并重建包时：
output <- if (output_format == "list") {
res
} else if (output_format == "tsibble") {
tsibble(date = as.Date("2017-01-01") + 0:9,value = rnorm(10))
}
Rmarkdown 突然 运行s 没有错误。
我的猜测是 print() 与 knitr 交互时的特定数据有问题。
在 knitr 中打印似乎与在控制台上打印不同（可能是它在没有 rmarkdown 的情况下工作的原因）
这是关于自定义打印方法和 knitr 的精彩 link： https://cran.r-project.org/web/packages/knitr/vignettes/knit_print.html
Before knitr v1.6, printing objects in R code chunks basically emulates the R console.
我可以想象来自 tsibble 包的 knit_print 的 S3 方法（它只使用 tibble 中的所有打印方法？）可能对您的特定数据集无法正常工作（我的意思是它适用于 tsibble我用 tsibble() 创建）。但只是一个（疯狂的？）猜测......错误和整体行为真的很奇怪......
编辑： 这也是错误的 R Markdown 调用堆栈：
1. ├─base::print(x)
2. └─tibble:::print.tbl(x)
3. ├─cli::cat_line(format(x, ..., n = n, width = width, n_extra = n_extra))
4. │ └─base::paste0(..., collapse = "\n")
5. ├─base::format(x, ..., n = n, width = width, n_extra = n_extra)
6. └─tsibble:::format.tbl_ts(x, ..., n = n, width = width, n_extra = n_extra)
7. ├─base::format(trunc_mat(x, n = n, width = width, n_extra = n_extra))
8. └─tibble::trunc_mat(x, n = n, width = width, n_extra = n_extra)
9. ├─base::as.data.frame(head(x, n))
10. ├─utils::head(x, n)
11. └─utils:::head.data.frame(x, n)
12. └─base::lapply(...)
13. └─utils:::FUN(X[[i]], ...)
对你来说应该是相似的，但如果你想自己得到这个，你必须对你的 rmarkdown 文档执行以下命令
options(rlang_trace_top_env = rlang::current_env())
options(error = function() {
sink()
print(rlang::trace_back(bottom = sys.frame(-1)), simplify = "none")
})
但是在callstack中可以看到，错误是由base::print(x)引起的，它调用了S3方法tibble:::print.tbl(x)，然后这个方法在内部调用 tsibble:::format.tbl_ts，它调用 tibble::trunc_mat，...并在内部某处引起错误。
好的...我继续沿着这条路走下去...最终这些函数调用中的混乱是您在开始时设置的 knitr 选项。
您在 rmarkdown 的开头写：
original <- options("tibble.print_min")
options(tibble.print_min = 5)
# <---- Do stuff with changed option, e.g. print some tibbles ---->
options(tibble.print_min = original)
将此更改为：
options(tibble.print_min = 5)
应该可以了。