奇点3.6.2安装

Question

我在 linux mint 中安装 singularity 3.6.2 时遇到问题，我按照 https://sylabs.io/guides/3.0/user-guide/installation.html 的说明进行操作。我安装了依赖项和 Go。

然后我运行安装最新版本的命令：

export VERSION=3.6.2 && # adjust this as necessary \
mkdir -p $GOPATH/src/github.com/sylabs && \
cd $GOPATH/src/github.com/sylabs && \
wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-${VERSION}.tar.gz && \
tar -xzf singularity-${VERSION}.tar.gz && \
cd ./singularity && \
./mconfig

错误是：

    Configuring for project `singularity' with languages: C, Golang
=> running pre-basechecks project specific checks ...
=> running base system checks ...
 checking: host C compiler... cc
 checking: host C++ compiler... c++
 checking: host Go compiler (at least version 1.13)... not found!
mconfig: could not complete configuration

我有go（go版）

go version go1.15.2 linux/amd64

我不知道发生了什么！非常感谢！

Answer 1

此问题已在 5099 中报告。

# 5320 还提到：

I deleted the PPO python 3.6 and this worked fine!

确保没有以 root 身份执行任何操作，否则 $PATH 将不同于您当前的用户。

Answer 2

我一直在为同样的错误而苦苦挣扎。所有的建议都说你可能有一个旧版本的 Go，这就是原因。但事实证明，将 Go 和 Singularity 放在正确的位置更为重要。

我发现这些文档 https://github.com/hpcng/singularity/blob/release-3.5/INSTALL.md 是关于在目录中放置什么的最有用和最正确的文档。

关键是将 Singularity 克隆到 GOPATH 目录中：

默认情况下您不会有此目录，因此请先创建它

$ mkdir -p ${GOPATH}/src/github.com/sylabs && \
  cd ${GOPATH}/src/github.com/sylabs && \
  git clone https://github.com/sylabs/singularity.git && \
  cd singularity

确保你的奇点在这里：{GOPATH}/src/github.com/sylabs/singularity

总结一下：

Go 本身位于此处 /usr/local/go

GOPATH 类似于 home/your_username/go 并且奇点将位于内部，例如home/your_username/go/src/github.com/sylabs/singularity

Answer 3

如果有人遇到此问题，请按照此安装 guide。

sudo apt-get update && \
sudo apt-get install -y build-essential \
libseccomp-dev pkg-config squashfs-tools cryptsetup

sudo rm -r /usr/local/go

export VERSION=1.13.15 OS=linux ARCH=amd64  # change this as you need

wget -O /tmp/go${VERSION}.${OS}-${ARCH}.tar.gz https://dl.google.com/go/go${VERSION}.${OS}-${ARCH}.tar.gz && \
sudo tar -C /usr/local -xzf /tmp/go${VERSION}.${OS}-${ARCH}.tar.gz

echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc && \
echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc && \
source ~/.bashrc

curl -sfL https://install.goreleaser.com/github.com/golangci/golangci-lint.sh |
sh -s -- -b $(go env GOPATH)/bin v1.21.0

mkdir -p ${GOPATH}/src/github.com/sylabs && \
cd ${GOPATH}/src/github.com/sylabs && \
git clone https://github.com/sylabs/singularity.git && \
cd singularity

git checkout v3.6.3

cd ${GOPATH}/src/github.com/sylabs/singularity && \
./mconfig && \
cd ./builddir && \
make && \
sudo make install

singularity version

奇点3.6.2安装

Singularity 3.6.2 Installation

installation

go

singularity-container