如何更改 RS4 Class 属性的默认值 - rpy2

Question

我正在通过执行以下操作在 python 中映射 class RS4：

from rpy2.robjects.packages import importr
import rpy2.robjects as ro

class MapTOS4(ro.methods.RS4):
    """
    writing a child class to map to S4 reference class in python
    """
    def LoadFile(self, filename):
        """access the LoadFile method of SlicedData class"""

        return ro.baseenv['$'](self, 'LoadFile')(filename)
    
    def fileSliceSize(self):
        """access the class attribute or field""" 
        return ro.baseenv['$'](self, 'fileSliceSize')
    
mql = importr('MatrixEQTL')
data = MapTOS4(mql.SlicedData())
print(data.fileSliceSize())

当执行上面的代码时，我得到了以下 [1] 1000 这是预期的，因为在那个特定的包中 class field/attribute fileSliceSize 它的默认值设置为1000。但是，我正在尝试将 class 属性的值重置或更改为 2000。

在 R 中，您可以使用以下简单代码轻松做到这一点：

data$fileSliceSize = 2000

如何根据我在 Python 中的实现实现此目的？

在此先感谢您。

Answer 1

在 R 中，data$fileSliceSize = 2000 操作只是一个语法糖，用于调用具有三个参数的 $<- 函数（object，键, 值):

library(MatrixEQTL)
data = SlicedData()

`$<-`(data, 'fileSliceSize', 2000)
# SlicedData object. For more information type: ?SlicedData
# Number of columns: 0 
# Number of rows: 0 
# Data is stored in 0 slices

与 data$fileSliceSize 的访问方式相同，是一个语法糖：

`$`(data, 'fileSliceSize')
# [1] 2000

反引号用于转义函数名称中的特殊字符 - 您可以使用反引号调用任何 R 函数：

`print`('text')
# [1] "text"

在 Extract chapter 的 R 文档中查看更多内容。

因此，在 rpy2 中你可以简单地做：

ro.baseenv['$<-'](data, 'fileSliceSize', 2000)

但是，我建议尝试一种更“pythonic”的方法（为简洁起见省略了文档字符串）：

from rpy2.robjects.packages import importr
import rpy2.robjects as ro


# assigning these R operators here will make the code easier to read
# and provide a (negligible in this case) performance increase.
get_r_attribute = ro.baseenv['$']
set_r_attribute = ro.baseenv['$<-']


class MapTOS4(ro.methods.RS4): 

    def __init__(self, r_obj, file_slice_size=2000): 
        super().__init__(r_obj) 
        self.file_slice_size = file_slice_size

    def load_file(self, filename):
        return get_r_attribute(self, 'LoadFile')(filename)

    @property
    def file_slice_size(self):
        return get_r_attribute(self, 'fileSliceSize') 

    @file_slice_size.setter 
    def file_slice_size(self, value): 
        set_r_attribute(self, 'fileSliceSize', value)


mql = importr('MatrixEQTL') 
data = MapTOS4(mql.SlicedData()) 
print(data.file_slice_size)
# prints 2000
data.file_slice_size = 3000
print(data.file_slice_size)
# prints 3000

# setting a value initialization:
data = MapTOS4(mql.SlicedData(), file_slice_size=4000)
print(data.file_slice_size)
# prints 4000

如何更改 RS4 Class 属性的默认值 - rpy2

How to Change The Default Value of RS4 Class Attribute - rpy2

python

r

rpy2

python-3.x