基于 Louvain 集群对 anndata 进行子集化

Question

我想在集群的基础上对 anndata 进行子集化，但我无法理解该怎么做。

我正在 运行ning scVelo 管道，并且我 运行 tl.louvain 功能是在 Louvain 的基础上对细胞进行聚类。我得到了大约 32 个集群，其中集群 2 和 4 是我感兴趣的，我必须 运行 仅在这些集群上进一步使用管道。 （最初我有我在 scVelo 中读取的 loom 文件，所以我现在有 anndata。）

我尝试使用 adata.obs["louvain"]，它给了我集群信息，但我需要编写一个只有 2 个集群的新 anndata 并进一步处理。

请帮助了解如何对 anndata 进行子集化。非常感谢任何帮助。 （刚接触，很难入手）

Answer 1

如果您的 adata.obs 有一个我期望在 运行 tl.louvain 之后的“louvain”列，您可以将子集设置为 adata[adata.obs["louvain"] == "2"] 如果你想获得一个集群并且 adata[adata.obs['louvain'].isin(['2', '4'])] 用于获取集群 2 和 4。