如何在scanpy中更改字体大小

Question

我正在使用 scanpy 生成点图，但无法更改字体大小。有办法吗？

例如，我将如何编辑这行代码？

sc.pl.dotplot(df, ["gene"], 'CellType', dendrogram=True, save = name)

Answer 1

IIRC，scanpy 只是在后台使用 matplotlib，所以有几个选项：

您可以全局设置字体大小：

import matplotlib.pyplot as plt
plt.rcParams.update({'font.size': 'large'})

您可以专门更新（所有）轴标签的字体大小：

plt.rcParams.update({'axes.labelsize' : 'large'}) 
plt.rcParams.update({'axes.xtick.labelsize' : 'large'})   
plt.rcParams.update({'axes.ytick.labelsize' : 'large'})

最后，如果你有轴的句柄，你可以通过遍历轴属性来改变标签的字体大小：

dp_object = sc.pl.dotplot(df,  ["gene"], 'CellType', dendrogram=True,  save = name)
axes_dict = dp_object.get_axes()
# figure out which axis you want by printing the axes_dict
# print(axes_dict)
ax = axes_dict[...]
ax.xaxis.label.set_fontsize(22)
for label in ax.get_xticklabels():
    label.set_fontsize('large')

Answer 2

事实证明，您可以直接使用 scanpy 执行以下操作：

sc.set_figure_params(scanpy=True, fontsize=14)

但是，我仍然不确定如何具体更改 y 轴...

如何在scanpy中更改字体大小

How to change font size in scanpy

python

matplotlib

python-3.x

scanpy