如何从 python 中的列表创建多个子类？

Question

我试图以分层方式获取数据，因此我决定转向 subclasses。我从中获取数据的文件格式如下：

2WQZ_chain_A
Score = 338.0
53-164
208-317
327-595
611-654

2WQZ_chain_B
Score = 344.0
53-164
205-317
327-595
611-655

2XB6_chain_A
Score = 319.0
64-163
211-317
327-596
613-654

2XB6_chain_B
Score = 329.0
53-163
212-317
327-596
613-654

而我想要获得的是第一个 class 称为 PDB 名称（即：2WQZ），子 class 称为 chain_A、chain_B等等。这些 subclasses 应该包含一个名为“score”的对象和第三个 subclass 名为“intervals”的对象，其中包含可能的间隔。总体思路类似于 this.

目前我尝试使用字典但最终得到了正确的 PDB class，但只有第二个链，我的代码是

class PDB(object):
    def __init__(self, pdbname):
        self.pdbid = pdbname

class Chain(PDB):
    def __init__(self, chainame,  score, pdbname):
        self.chainid = chainame
        self.score = score
        super().__init__(pdbname)



making_class = open("covered_intervals.txt", "r").readlines()

pdblist = []

for i in making_class:
    if "chain" in i:
        pdblist.append(i[:4])

pdblist = list(dict.fromkeys(pdblist))
pdblist2 = dict.fromkeys(pdblist)

for i in pdblist:
    pdblist2[i] = PDB(i)
    for j in making_class:
        if i in j:
            chainame = j[5:12]
            pdblist2[i] = Chain(chainame, 4, i)

4 是一个占位符，我知道为什么我只得到最后一个链，但不知道如何在同一个 PDB 下得到两个链。

Answer 1

首先我建议创建一些东西，它可以将文件中的一个文本块解析为可用的变量，例如：

def parse_block(lines):
    pdb_name = lines[0][:4]
    chain = lines[0][5:]
    score = lines[1].split("=")[1].strip()
    intervals = lines[2:]
    return (pdb_name, chain, score, intervals)

使用它，您可以构建您的类，或使用嵌套字典，这也能很好地适应数据结构。

from collections import defaultdict

with open("pdbdata", "r") as f:
    content = f.read()

pdb_dict = defaultdict(dict)

for block in content.split("\n\n"):
    pdb_name, chain, score, intervals = parse_block(block.splitlines())
    pdb_dict[pdb_name][chain] = {"score": score, "intervals": intervals}

生成的嵌套字典如下所示：

{'2WQZ': {'chain_A': {'intervals': ['53-164', '208-317', '327-595', '611-654'],
                      'score': '338.0'},
          'chain_B': {'intervals': ['53-164', '205-317', '327-595', '611-655'],
                      'score': '344.0'}},
 '2XB6': {'chain_A': {'intervals': ['64-163', '211-317', '327-596', '613-654'],
                      'score': '319.0'},
          'chain_B': {'intervals': ['53-163', '212-317', '327-596', '613-654'],
                      'score': '329.0'}}}

Answer 2

在这种情况下，可以为top节点创建一个字典，并且由于是固定深度的树，所以不需要class嵌套。链 Class 将包含三个组件

连锁店名称
得分
范围列表 - 我已经为范围

class Chain():
    def __init__(self, chainame,  score=None):
        self.chainid = chainame
        self.score = score
        self.ranges=[]

    def add_range(self, range):
        self.ranges.append(range)

    def add_score(self, score):
        self.score = score


class range1():
    def __init__(self, str):
        x = str.split("-")
        self.start = int(x[0])
        self.end = int(x[1])

counter = 0
pdb = ""
ch = None
data = {}

with open("covered_intervals.txt", "r") as f:
    line = f.readline()
    while line:
        line = line.strip()
        if line.strip()=="":
            counter=0
            x = data.get(pdb, [])
            x.append(ch)
            data[pdb] = x
        elif counter==0:
            x = line.split("_", 1)
            pdb = x[0]
            chainname = x[1]
            ch = Chain(chainname)
            counter  = counter +1
        elif counter==1:
            ch.add_score(float(line.split("=")[1]))
            counter = counter +1
        else:
            ch.add_range(range1(line))
        line = f.readline()

if counter != 0:
    x = data.get(pdb, [])
    x.append(ch)
    data[pdb] = x

如何从 python 中的列表创建多个子类？

How to create multiple subclasses from a list in python?

python

subclass