Biopython 现在无法下载.PDB 文件

Question

我在使用 Biopyhton 时遇到了问题。我用这段代码下载了一组蛋白质

from Bio.PDB import *
from biopandas.pdb import PandasPdb
import Bio
from Bio.PDB import PDBList
ppdb0 = []
ppdb1 = []
pdbl = PDBList()
PDBlist2 = ['2dd6', '1lbO', 'iee7']
for i in PDBlist2:
    ppdb0.append(pdbl.retrieve_pdb_file(i,pdir='.', file_format ='pdb'))
    ppdb1.append(PandasPdb().fetch_pdb(i))

它工作得很好，但在重新启动我的电脑后，我现在遇到了这个错误：

Downloading PDB structure '2dd6'...
Desired structure doesn't exists
Downloading PDB structure '1lbO'...
Desired structure doesn't exists
HTTP Error 404

有人和我一样吗？你能告诉我如何解决这个问题吗？ pd: 如果我用大写字母写蛋白质登录号也是一样的

Answer 1

通过查看页面 https://www.rcsb.org/structure/2DD6 和 https://www.rcsb.org/structure/1lbO 我可以看到：蛋白质 2DD6 确实存在并且 returns HTTP 200 结果。 ID 为 1lbO 的蛋白质根本不存在，所以我得到 404（找不到页面）。而且 iee7 甚至不是有效的 PDB ID，因为它不是以数字开头的。蛋白质 1EE7 确实存在 - 可能是打字错误？

Biopython 现在无法下载.PDB 文件

Biopython cannot download .PDB files now

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