在 R 中转换和可视化相似矩阵

Transform and Visualize Similarity Matrix in R

我正在使用一个包含多个条目及其相似性的矩阵，格式如下：

//      A      B      C  

 A      1     0.8    0.4

 B      0.8    1     0.2

 C      0.4   0.2     1

在这种情况下，1 表示两个条目相同，0 表示它们完全不同。每个条目代表一串存在或不存在的观察结果。相似性值是通过检查重叠观察值来计算的。我想形象化不同条目之间的这种关系；在这种情况下可以使用树状图吗？

这里有两种可视化矩阵的方法。

  1. 校正图

    图书馆（corrplot）
    corrplot(Mat)

  1. 树状图使用 hclust

你的矩阵是相似的，但是对于hclust，我们需要dis相似，所以我会用1 - Mat.

来转换它 
HC = hclust(as.dist(1-Mat))
plot(HC)