Docker 中没有名为 conda 的模块

Question

我正在尝试创建一个安装了 miniconda3 的 docker 图像。我不想直接使用 base image offered in docker hub，而是想从头开始创建自己的 Dockerfile 并将 continuumio/miniconda3 映像的 Dockerfile 命令放在那里，它们是：

FROM debian:latest

#  $ docker build . -t continuumio/miniconda3:latest -t continuumio/miniconda3:4.5.11
#  $ docker run --rm -it continuumio/miniconda3:latest /bin/bash
#  $ docker push continuumio/miniconda3:latest
#  $ docker push continuumio/miniconda3:4.5.11

ENV LANG=C.UTF-8 LC_ALL=C.UTF-8
ENV PATH /opt/conda/bin:$PATH

RUN apt-get update --fix-missing && \
    apt-get install -y wget bzip2 ca-certificates curl git && \
    apt-get clean && \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/*

RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \
    /bin/bash ~/miniconda.sh -b -p /opt/conda && \
    rm ~/miniconda.sh && \
    /opt/conda/bin/conda clean -tipsy && \
    ln -s /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh && \
    echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc && \
    echo "conda activate base" >> ~/.bashrc

ENV TINI_VERSION v0.16.1
ADD https://github.com/krallin/tini/releases/download/${TINI_VERSION}/tini /usr/bin/tini
RUN chmod +x /usr/bin/tini

ENTRYPOINT [ "/usr/bin/tini", "--" ]
CMD [ "/bin/bash" ]

构建和运行容器工作正常。作为参考，这里是容器中 conda info 的输出：

(base) root@def48bd1ed5d:/# conda info

     active environment : base
    active env location : /opt/conda
            shell level : 1
       user config file : /root/.condarc
 populated config files : 
          conda version : 4.5.11
    conda-build version : not installed
         python version : 3.7.0.final.0
       base environment : /opt/conda  (writable)
           channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/free/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/free/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/noarch
          package cache : /opt/conda/pkgs
                          /root/.conda/pkgs
       envs directories : /opt/conda/envs
                          /root/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.5.11 requests/2.19.1 CPython/3.7.0 Linux/4.4.0-187-generic debian/10 glibc/2.28
                UID:GID : 0:0
             netrc file : None
           offline mode : False

每当我尝试使用 conda 安装模块时都会出现问题，例如 conda install jupyter -y。该过程开始，在安装过程中的某个时刻我收到此错误：

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Traceback (most recent call last):
  File "/opt/conda/bin/conda", line 7, in <module>
    from conda.cli import main
ModuleNotFoundError: No module named 'conda'
(base) root@def48bd1ed5d:/#

在此之后，安装似乎已损坏。如果我尝试使用 conda 命令再次调用 exmaple conda info，我会得到同样的错误：

(base) root@def48bd1ed5d:/# conda info
Traceback (most recent call last):
  File "/opt/conda/bin/conda", line 7, in <module>
    from conda.cli import main
ModuleNotFoundError: No module named 'conda'
(base) root@def48bd1ed5d:/#

Answer 1

`miniconda3` Dockerfile 中安装行指定的版本不是最新的

您用于构建本地映像的 Dockerfile 将安装 miniconda3-4.5.11 而不是最新版本。你可以在这里找到它：

...
RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \
    /bin/bash ~/miniconda.sh -b -p /opt/conda &&
...

还有这种方式 docker:

$ docker build --tag miniconda3:test .
$ docker docker run -i -t miniconda3:test /bin/bash
$ docker history --no-trunc miniconda3:test | grep Miniconda3

/bin/sh -c wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && ...

好了，现在来看官方continuumio/miniconda3:

$ docker run -i -t continuumio/miniconda3 /bin/bash

然后：

$ docker history --no-trunc continuumio/miniconda3 | grep Miniconda3

/bin/sh -c wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && ...

如您所见，来自 DockerHub 的 continuumio/miniconda3 映像安装了最新的 miniconda3 4.8.2 而不是 4.5.11 版本。因此，从 Dockerfile 构建的本地映像将生成 miniconda3:4.5.11.

的容器

`python` 版本的更改中断 `conda`

现在，让我们找出 conda 失败的原因。首先构建运行:

$ docker build --tag miniconda3:test .
$ docker docker run -i -t miniconda3:test /bin/bash

获取一些信息：

(base) root@61cafd17d954:/# conda info

     active environment : base
    active env location : /opt/conda
            shell level : 1
       user config file : /root/.condarc
 populated config files : 
          conda version : 4.5.11
    conda-build version : not installed
         python version : 3.7.0.final.0
       base environment : /opt/conda  (writable)
           channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/free/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/free/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/noarch
          package cache : /opt/conda/pkgs
                          /root/.conda/pkgs
       envs directories : /opt/conda/envs
                          /root/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.5.11 requests/2.19.1 CPython/3.7.0 Linux/5.4.0-48-generic debian/10 glibc/2.28
                UID:GID : 0:0
             netrc file : None
           offline mode : False

嗯，我们有 conda:4.5.11 和 python:3.7.0。

现在，我们要安装jupyter，例如：

(base) root@61cafd17d954:/# conda install jupyter

您可能会注意到，此安装将更新 python:

The following packages will be UPDATED:

...
    python:             3.7.0-hc3d631a_0        --> 3.8.5-h7579374_1       
...

如果您继续，这将更新 python 并将中断 conda:

...
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Traceback (most recent call last):
  File "/opt/conda/bin/conda", line 7, in <module>
    from conda.cli import main
ModuleNotFoundError: No module named 'conda'

这是一个众所周知的问题，您可以在 answer, and in official conda repo: No module named conda.cli.main #2463 中找到有关此问题的更多信息。

更新 `conda` 或使用 `Dockerfile` 作为 `miniconda3:latest`

这个问题有 3 种可能的解决方案：

通过替换此行来编辑您的 Dockerfile：

RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \

和

RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \

使用来自ContinuumIO的最新官方Dockerfile，可以找到here.
使用前更新 conda 容器内部：

(base) root@61cafd17d954:/# conda update conda

Docker 中没有名为 conda 的模块

No module named conda in Docker

python

docker

dockerfile

conda

miniconda

`miniconda3` Dockerfile 中安装行指定的版本不是最新的

`python` 版本的更改中断 `conda`

更新 `conda` 或使用 `Dockerfile` 作为 `miniconda3:latest`

Docker 中没有名为 conda 的模块

No module named conda in Docker

python

docker

dockerfile

conda

miniconda

miniconda3 Dockerfile 中安装行指定的版本不是最新的

python 版本的更改中断 conda

更新 conda 或使用 Dockerfile 作为 miniconda3:latest

`miniconda3` Dockerfile 中安装行指定的版本不是最新的

`python` 版本的更改中断 `conda`

更新 `conda` 或使用 `Dockerfile` 作为 `miniconda3:latest`