检查 nextflow 通道是否为空

Question

我正在研究如何检查频道是否为空。

比如我有两个进程。第一个进程仅在设置 parameters/flags 的组合时运行，如果是这样，还会检查来自另一个进程的输入文件（通过通道输入）是否为空，然后它为第二个进程创建一个新的输入文件（最终替换默认的）。作为一个简化的例子：

.....
.....

// create the channel here to force nextflow to wait for the first process
_chNewInputForProcessTwo = Channel.create()

process processOne {
  when:
    params.conditionOne && parameters.conditionTwo
  input:
      file inputFile from _channelUpstreamProcess
 output:
      file("my.output.file") into _chNewInputForProcessTwo
  script:
    """
    # check if we need to produce new input for second process (i.e., input file not empty)
    if [ -s ${inputFIle} ]
      then
          <super_command_to_generate_new_fancy_input_for_second_process> > "my.output.file" 
      else
          echo "No need to create new input"
    fi
   """
}

// and here I would like to check if new input was generated or leave the "default" one
_chInputProcessTwo = Channel.from(_chNewInputForProcessTwo).ifEmpty(Channel.value(params.defaultInputProcessTwo))

process secondProcess {
  input:
      file inputFile from _chInputProcessTwo
......
......
etc.

当我尝试运行这种方法时，它失败了，因为通道 _chNewInputForProcessTwo 包含 DataflowQueue(queue=[])，因此实际上不是空的。

我已经尝试了几种方法来查看 google 组和 gitter 上的文档和线程。试图将其设置为空，但随后它抱怨我正在尝试使用该频道两次。放create().close()等

有没有 clean/reasonable 方法来做到这一点？我可以使用价值通道来做到这一点，并让第一个进程在 stdout 上输出一些字符串，以供第二个进程获取和检查，但这对我来说似乎很脏。

任何 suggestions/feedback 表示赞赏。提前致谢！

马吕斯

Answer 1

最好避免尝试检查频道是否为空。如果您的频道可以为空并且您需要频道中的默认值，则可以使用 ifEmpty operator to supply one. Note that a single value is implicitly a value channel。我想你只需要：

myDefaultInputFile = file(params.defaultInputProcessTwo)

chInputProcessTwo = chNewInputForProcessTwo.ifEmpty(myDefaultInputFile)

此外，调用 Channel.create() 通常是不必要的。

检查 nextflow 通道是否为空

check if nextflow channel is empty

channel

nextflow