限制在 pROC 中使用 ROC 曲线打印的 AUC 小数位

Question

我已经成功地在同一个图中创建了一个图，其中包含不同预测模型的多个 ROC 曲线，并且 AUC 和 CI 的数值很好地打印在侧面。

然而，我的项目用三位小数打印这些是没有意义的，我需要带两位小数的四舍五入版本，但我无法说服 Rstudio 以这种方式打印它...

（为了清楚起见，上面写着 AUC: 0.708 (0.661-0.754)，我需要它是 0.71 (0.66-0.75)）。

我试过了：

print(ROC_rfhipfx60X1MOmospugholt, digits = max(3, getOption("digits") -3 ), call= TRUE)

哪个 return 调用（一开始看起来很成功）：

Call:
roc.default(response = hipfx_pugely_and_holt_predictions_20200820$`1MO`,     predictor = hipfx_pugely_and_holt_predictions_20200820$`PUGELY RISK %`,     ci = TRUE, plot = TRUE, print.auc = TRUE, col = "red", lwd = 4,     print.auc.y = 0.3, legacy.axes = TRUE, add = TRUE)

Data: hipfx_pugely_and_holt_predictions_20200820$`PUGELY RISK %` in 121 controls (hipfx_pugely_and_holt_predictions_20200820$`1MO` no) > 1050 cases (hipfx_pugely_and_holt_predictions_20200820$`1MO` yes).
Area under the curve: 0.7078
95% CI: 0.6615-0.7542 (DeLong)
>

而不是创建新图 returns（如果我滚动浏览我的图并 return 滚动到不起作用的图，则会再次打印相同的消息）：

Error in readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) :
  cannot open compressed file '/var/folders/22/nxnj3khn76q9hz0khppd11_40000gn/T/RtmpXrawRS/rs-graphics-7de8e907-4a56-4944-b16e-aeb4054ee835/2473fad9-4618-46c1-9014-fbcb61050b97.snapshot', probable reason 'No such file or directory'
Graphics error: Plot rendering error
Error in readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) : cannot open the connection

Answer 1

print 的 digit 参数控制有效数字的数量。在这种情况下，它匹配小数位数，因为我们介于 0 和 1 之间。因此您可以使用 digits = 2，如下所示：

> library(pROC)
> data(aSAH)
> roc_curve <- roc(aSAH$outcome, aSAH$ndka)
Setting levels: control = Good, case = Poor
Setting direction: controls < cases
> print(roc_curve, digits = 2)

Call:
roc.default(response = aSAH$outcome, predictor = aSAH$ndka, ci = TRUE)

Data: aSAH$ndka in 72 controls (aSAH$outcome Good) < 41 cases (aSAH$outcome Poor).
Area under the curve: 0.61
95% CI: 0.5-0.72 (DeLong)

对于绘图，我建议您单独使用 plot 函数。您应该自定义 print.auc.pattern 参数，以绘制带有两位小数的数字（这次不是有效数字的数量）：

plot(roc_curve, print.auc = TRUE, col = "red", lwd = 4, print.auc.y = 0.3, legacy.axes = TRUE, print.auc.pattern = "%.2f (%.2f-%.2f)")

当您从 Rstudio 中收到绘图错误时，通常重新创建绘图即可解决问题。

限制在 pROC 中使用 ROC 曲线打印的 AUC 小数位

Limiting decimals of AUC to be printed with with ROC curve in pROC

r

roc

auc

proc-r-package