我在 3 个不同的时间点收集了 7 个不同的病毒浓度数据点。我如何用 R 中的误差条绘制图表？

Question

我收集了七个不同的样品，其中含有不同浓度的昆金病毒。

3个样本来自24小时时间点：667、1330、1670
2个样本来自48小时时间点：323000、590000
2个样本来自72小时时间点：3430000、4670000

如何在 R 中创建反映此数据（包括误差条）的点图？我正在使用 ggplot2。

到目前为止我的代码是：

data1 <-data.frame(hours, titer)
ggplot(data1, aes(x=hours, y=titer, colour = hours)) + geom_point()

Answer 1

我建议您采用下一种方法。如果你想要误差条，你可以根据均值和标准差来计算它。在下一个代码中概述了执行此操作的方法。我使用了一个标准偏差，但您可以设置任何其他值。另外，由于您想查看不同的样本，我使用了 facet_wrap()。这里的代码：

library(ggplot2)
library(dplyr)
#Data
df <- data.frame(sample=c(rep('24 hour',3),rep('48 hour',2),rep('72 hour',2)),
                 titer=c(667, 1330, 1670,323000, 590000,3430000, 4670000),
                 stringsAsFactors = F)
#Compute error bars
df <- df %>% group_by(sample) %>% mutate(Mean=mean(titer),SD=sd(titer))
#Plot
ggplot(df,aes(x=sample,y=titer,color=sample,group=sample))+
  geom_errorbar(aes(ymin=Mean-SD,ymax=Mean+SD),color='black')+
  geom_point()+
  scale_y_continuous(labels = scales::comma)+
  facet_wrap(.~sample,scales='free')

输出：

如果你有一个常用的y-axis秤，你可以试试这个：

#Plot 2
ggplot(df,aes(x=sample,y=titer,color=sample,group=sample))+
  geom_errorbar(aes(ymin=Mean-SD,ymax=Mean+SD),color='black')+
  geom_point()+
  scale_y_continuous(labels = scales::comma)+
  facet_wrap(.~sample,scales = 'free_x')

输出：

我在 3 个不同的时间点收集了 7 个不同的病毒浓度数据点。我如何用 R 中的误差条绘制图表？

I have 7 different data points for virus concentration collected at 3 different time points. How do I graph this with error bars in R?

graphing

r

ggplot2