如果 txt 文件中存在该值，则替换该值

Question

大家早上好，我有一个 data.ped 文件，由数千列和数百行组成。文件的前 6 列和前 4 行如下所示：

186 A_Han-4.DG 0 0 1 1
187 A_Mbuti-5.DG 0 0 1 1
188 A_Karitiana-4.DG 0 0 1 1
191 A_French-4.DG 0 0 1 1

我有一个 ids.txt 文件，如下所示：

186 Ignore_Han(discovery).DG
187 Ignore_Mbuti(discovery).DG
188 Ignore_Karitiana(discovery).DG
189 Ignore_Yoruba(discovery).DG
190 Ignore_Sardinian(discovery).DG
191 Ignore_French(discovery).DG
192 Dinka.DG
193 Dai.DG

我需要的是将 data.ped 文件第一列中的值替换（在 unix 中）与同一行中 ids.txt 第二列中的值将从 data.ped 文件中替换的值。例如，我想将 data.ped 第一列中的“186”值替换为 ids.txt 第二列中的“Ignore_Han(discovery).DG”值（这是因为在该值同一行的第一列是“186”）因此 output.ped 文件必须如下所示：

Ignore_Han(discovery).DG A_Han-4.DG 0 0 1 1
Ignore_Mbuti(discovery).DG A_Mbuti-5.DG 0 0 1 1
Ignore_Karitiana(discovery).DG A_Karitiana-4.DG 0 0 1 1
Ignore_French(discovery).DG A_French-4.DG 0 0 1 1

data.ped 文件第一列的值是 ids.txt 文件第一列中存在的值的子集。所以总有匹配的。

编辑：

我试过这个：

awk 'NR==FNR{a[]=; next}  in a{=a[]; print}' ids.txt data.ped

但是当我检查结果时：

cut -f 1-6 -d " " output.ped

我得到这个奇怪的输出：

A_Han-4.DG 0 0 1 1y).DG
A_Mbuti-5.DG 0 0 1 1y).DG
A_Karitiana-4.DG 0 0 1 1y).DG
A_French-4.DG 0 0 1 1y).DG

而如果我使用此命令：

cut -f 1-6 -d " " output.ped | less

我明白了：

Ignore_Han(discovery).DG^M A_Han-4.DG 0 0 1 1
Ignore_Mbuti(discovery).DG^M A_Mbuti-5.DG 0 0 1 1
Ignore_Karitiana(discovery).DG^M A_Karitiana-4.DG 0 0 1 1
Ignore_French(discovery).DG^M A_French-4.DG 0 0 1 1

我不明白为什么每行都有 ^M。

Answer 1

使用join命令连接两个文件

join ids.txt data.ped > temp

您可以使用 cut 命令删除第一列，例如：

cut -d " " -f 2- temp > output.ped

Answer 2

awk 'NR==FNR{a[]=; next}  in a{=a[]} 1' ids.txt data.ped

输出：

Ignore_Han(discovery).DG A_Han-4.DG 0 0 1 1
Ignore_Mbuti(discovery).DG A_Mbuti-5.DG 0 0 1 1
Ignore_Karitiana(discovery).DG A_Karitiana-4.DG 0 0 1 1
Ignore_French(discovery).DG A_French-4.DG 0 0 1 1

这是一个经典的 awk 任务，根据您的要求进行了各种修改。在这里，只有当我们在 ids.txt 中找到它的值时，我们才替换 data.ped 的第一个字段，否则我们打印该行不变。如果您想删除不匹配的行：

awk 'NR==FNR{a[]=; next}  in a{=a[]; print}' ids.txt data.ped

不需要对输入文件进行排序，第二个文件的顺序被保留。

更新：

如果您的输入中有 Ctrl-M 个字符，请先使用

删除它们

cat file | tr -d '^M' > file.tmp && mv file.tmp file

对于您使用的任何 file。一般来说，我建议运行 dos2unix 用于可能包含 ^M 或 \r 等字符的任何文本文件，通常来自 dos/windows 编辑。

如果 txt 文件中存在该值，则替换该值

Replace a value if this value is present in a txt file

unix

replace

txt