postgres 使用 slide window 生成数组

Question

我正在尝试弄清楚如何通过查询生成 ARRAY，给定滑动 window 在字符列上使用 Postgre。

例如，如果我有这个：

   pid           
   <chr>         
 1 WP_096038768.1
 2 WP_013465871.1
 3 WP_058155244.1
 4 WP_011329269.1
 5 WP_058374608.1
 6 WP_089368983.1
 7 WP_096739105.1
 8 WP_089346667.1
 9 WP_096041177.1
10 WP_010553306.1
...

我想要在行前后滑动 window 大小 1。结果是这样的：

   pid            g                                           
   <chr>          <chr>                                       
 1 WP_013465871.1 WP_096038768.1,WP_013465871.1,WP_058155244.1
 2 WP_058155244.1 WP_013465871.1,WP_058155244.1,WP_011329269.1
 3 WP_011329269.1 WP_058155244.1,WP_011329269.1,WP_058374608.1
 4 WP_058374608.1 WP_011329269.1,WP_058374608.1,WP_089368983.1
 5 WP_089368983.1 WP_058374608.1,WP_089368983.1,WP_096739105.1
 6 WP_096739105.1 WP_089368983.1,WP_096739105.1,WP_089346667.1
 7 WP_089346667.1 WP_096739105.1,WP_089346667.1,WP_096041177.1
 8 WP_096041177.1 WP_089346667.1,WP_096041177.1,WP_010553306.1
 9 WP_010553306.1 WP_096041177.1,WP_010553306.1,WP_007376542.1
10 WP_007376542.1 WP_010553306.1,WP_007376542.1,WP_039038284.1
...

如有任何提示，我们将不胜感激。

我用 R 做的这个例子：

library(tidyverse)
library(dbplyr)
library(RPostgreSQL) 
library(DBI)

st2tm %>% 
  mutate(
    p1 = lag(pid),
    p2 = lead(pid)
  ) %>% 
  group_by(pid) %>% 
  mutate(g = paste(na.omit(c(p1,pid,p2)), sep = ",")) %>% 
  ungroup() %>% 
  select(-c(p1, p2)) %>% 
  filter(str_count(g,",")==2)

但是当通过 DBI 连接应用于 Postgres table 时，它会失败

Error in vapply(x, escape, character(1), con = con) : 
  values must be length 1,
 but FUN(X[[1]]) result is length 3

在 paste 和 Error: str_count() is not available in this SQL variant 在 filter。

此外，我认为一些更聪明的策略。

Answer 1

这很可能是因为 dbplyr 没有为将 na.omit 或 str_count 转换为 postgresql 定义翻译（很可能定义了 paste 的翻译）。

您可以通过提前检查缺失值来替换 str_count 和 na.omit。

st2tm %>% 
  mutate(
    p1 = lag(pid),
    p2 = lead(pid)
  ) %>% 
  filter(!is.na(p1),
         !is.na(p2)) %>%
  mutate(g = paste(p1, ",", pid, ",", p2)) %>% 
  select(-c(p1, p2)) %>%

如果 paste 是问题，您可以将其替换为 postgresql 的内置 CONCAT 函数。

st2tm %>% 
  mutate(
    p1 = lag(pid),
    p2 = lead(pid)
  ) %>% 
  filter(!is.na(p1),
         !is.na(p2)) %>%
  mutate(g = CONCAT(p1, ",", pid, ",", p2)) %>% 
  select(-c(p1, p2)) %>%

因为 CONCAT 不是 R 函数，dbplyr 会将其按写入 postgresql 的形式传递，而不是尝试翻译它。

postgres 使用 slide window 生成数组

postgres generate array using slide window

r

postgresql

sliding-window

dbplyr