CentOS7无法安装facebook prophet的R库

Question

我正在尝试在 centOS 7 上为 Facebook prophet 安装 R 库。为了便于重现，我提供了 dockerfile 和命令。

FROM centos:7

RUN yum -y install epel-release
RUN yum -y groupinstall "Development Tools"
RUN yum -y install proj

RUN yum -y install udunits2-devel
RUN yum -y install openssl-devel
RUN yum -y install libjpeg-turbo-devel
RUN yum -y install libcurl-devel

RUN yum -y install v8-devel

RUN yum -y install R

要构建 dockerfile，请使用以下命令。

docker build -t test_prophet_installation .

构建完成后，我运行容器使用下一个命令。

docker run -it --entrypoint=/bin/bash test_prophet_installation

现在，我在我的容器里。我尝试使用以下命令安装 prophet。

su - -c "R -e \"install.packages('prophet', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

上面的命令说，prophet 的依赖项之一，即 rstan 安装失败。所以我尝试使用以下命令安装 'rstan'。

su - -c "R -e \"install.packages('rstan', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

在运行执行上述命令后，出现以下错误。

Error in .shlib_internal(args) :
  C++14 standard requested but CXX14 is not defined
* removing '/usr/lib64/R/library/rstan'

The downloaded source packages are in
        '/tmp/RtmpsPDQ9G/downloaded_packages'
Updating HTML index of packages in '.Library'
Warning messages:
1: In install.packages("rstan", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package 'rstan' had non-zero exit status
2: In file.create(f.tg) :
  cannot create file '/usr/share/doc/R-3.6.0/html/packages.html', reason 'No such file or directory'
3: In make.packages.html(.Library) : cannot update HTML package index

我尝试了 Google 中的几乎所有故障排除来解决上述错误，但仍然没有成功。我想，我没有正确设置一些环境变量。

Answer 1

这里的问题是，使用yum groupinstall "Development Tools"时，安装的gcc是4.8.5，因此不支持C++14（如您所见here）。

为了解决这个问题，您需要添加以下内容：

RUN yum -y install centos-release-scl
RUN yum -y install devtoolset-8-gcc*

RUN scl enable devtoolset-8 sh

除此之外，您还必须为 rstan 定义 Makevars。您可以在这里找到解释：https://github.com/stan-dev/rstan/issues/569

我创建了这个 Makevars：

CXX14 = g++ -std=c++1y -Wno-unused-variable -Wno-unused-function -fPIC

并在我的 Dockerfile 中添加了一个 COPY：

COPY Makevars /root/.R/Makevars

我正在使用以下命令下载软件包：

install.packages('rstan', repos='http://cran.rstudio.com/', dependencies = TRUE)

有些事情仍然没有按预期工作，但这是向前迈出的一步。

编辑：这种方法不起作用，因为系统一直在使用旧的 g++。我最终使用了 docker 图片 centos/devtoolset-7-toolchain-centos7:latest。

CentOS7无法安装facebook prophet的R库

Unable to install R library of facebook prophet on CentOS7

r

centos

docker

facebook-prophet