R，如何将数据框的所有列名放入公式中？

Question

我正在尝试将 R 中的多元 Cox 回归分析应用于我的数据集，紧随 this tutorial。特别是，我正在尝试应用以下函数 coxph():

install.packages(c("survival", "survminer"));
library("survival");
library("survminer");
data("lung");

res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog, data =  lung)
summary(res.cox)

如您所见，在这种情况下，特征的名称 (age + sex + ph.ecog) 已手动插入到公式中。

在我的例子中，我有成千上万的特征，所以我不能手动添加它们的名字。我需要找到一种自动插入它们的方法。我试图在以前的案例中这样做，但没有成功。这是我尝试过的：

featureNames <- paste(colnames(lung), collapse = " + ")
res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ featureNames, data =  lung)

我收到了这条错误信息：

Error in model.frame.default(formula = Surv(time, status) ~ featureNames,  : 
  variable lengths differ (found for 'featureNames')

有人可以帮助我吗？谢谢！我在电脑上使用 R3.6.3 版运行 Linux Ubuntu 18.04.5 LTS/

Answer 1

使用 parse() 和 eval() 就可以了。

featureNames <- paste(colnames(lung), collapse = " + ")
res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ eval(parse(text = featureNames)), data =  lung)

Answer 2

使用reformulate，先设置一个默认公式：

fS <- Surv(time, status) ~ .

假设您事先知道这些功能：

colnames(lung)
 [1] "inst"      "time"      "status"    "age"       "sex"       "ph.ecog"  
 [7] "ph.karno"  "pat.karno" "meal.cal"  "wt.loss"  

features = c("ph.karno","age","meal.cal","wt.loss")

fs = reformulate(features, fS[[2]])

coxph(fs, data =  lung)

Call:
coxph(formula = fs, data = lung)

               coef  exp(coef)   se(coef)      z     p
ph.karno -9.152e-03  9.909e-01  7.327e-03 -1.249 0.212
age       1.629e-02  1.016e+00  1.168e-02  1.395 0.163
meal.cal  5.087e-06  1.000e+00  2.391e-04  0.021 0.983
wt.loss  -1.057e-03  9.989e-01  6.884e-03 -0.154 0.878

Likelihood ratio test=5.84  on 4 df, p=0.2113
n= 171, number of events= 124 
   (57 observations deleted due to missingness)

R，如何将数据框的所有列名放入公式中？

R, how to put all the column names of a dataframe into a formula?

r

formula

cox-regression