在 fviz_pca_biplot 中为 var 和 ind 指定不同的点形

Question

是否有任何方法可以从 R 包 FactoExtra 中为 fviz_pca_biplot() 中的变量指定形状？

例如我有以下代码：

data("iris")

PCA.iris <- prcomp(iris[ , -5], scale=TRUE)

BiPlot<- fviz_pca_biplot(PCA.iris, 
                      geom = c("point", "text"), 
                      geom.var = c("point", "text"),
                      palette="ucscgb",
                      label="var",       
                      col.ind=iris$Species,
                      invisible="quali",
                      pointshape = 19, pointsize = 3) +
                      labs(colour= "Species" )+
                      theme_gray() +
                     theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5,size = 20, face = "bold"),
                           legend.title = element_text(size = 12), 
                           legend.text = element_text(size = 8),
                           legend.key.size = unit(0.5,"line") )+
                     guides(shape = guide_legend(override.aes = list(size = 4)),
                           color = guide_legend(override.aes = list(size = 4)) )
print(BiPlot)

但它使 var 和 ind 的形状相同，我想要 var 的形状 不同（形状 15）。当 geom.var = c("point", "text") 时，参数“pointshape”似乎适用于 var 和 ind设置为点。

我试过使用 scale_shape_manual() :

 BiPlot+
 scale_shape_manual(values=15)

但它不适用，我猜这是由于 geom 中的“点”使用 geom_point，我无法指定我想应用它的点，但这只是一个疯狂的猜测.

是否可以将 var 和 ind 的点形状设置为不同的值，然后如何完成？

Answer 1

您在 fviz_pca_biplot 中仅对您的数据点使用“文本”，这将确保您的 var 形状为 15。然后您为您的个人数据点调用另一个 geom_point() 并指定形状:

library(ggsci)
library(factoextra)

data("iris")

PCA.iris <- prcomp(iris[ , -5], scale=TRUE)

BiPlot<- fviz_pca_biplot(PCA.iris, 
                      geom = "text", 
                      geom.var = c("point", "text"),
                      label="var",
                      col.ind=iris$Species,       
                      invisible="quali",
                      pointshape = 15, pointsize = 3) +
                      geom_point(aes(col = Col.),shape=10)+
                      labs(colour= "Species" )+
                      scale_color_ucscgb() +
                      theme_gray()

在 fviz_pca_biplot 中为 var 和 ind 指定不同的点形

Specify different pointshapes for var and ind in fviz_pca_biplot

r

pca

factoextra