密度图超过 x 轴间隔

Question

我正在尝试使用 ggplot2 绘制一些密度图，但分布超出了我的数据范围。具体来说，我试图显示 GPS 位置在 2 种栖息地类型中随时间（一天中的几个小时）的分布。由于我只对显示白天（0500 到 2100）期间的位置分布感兴趣，因此我过滤掉了夜间发生的时间。但是，当我绘制数据时，分布在 x 轴上超过了第 5 小时和第 21 小时。我觉得它与 ggplot 中的“scale_x_continuous”有关，我在其中将限制指定为 (0,24)，但这并不能解释为什么在没有数据时分布超过白天时间在这些时间之前或之后。仅供参考，我确实希望显示整个时间序列，即使我没有每小时的数据。

但同样，我只有 5 点到 21 点之间的数据。有人可以解释这里可能发生的事情吗？希望我是有道理的。谢谢！

示例代码：

locs.19
locs.19 <- subset(locs, hour >= 5 & hour <=21)

> head(locs.19)
     ID         x        y         datetime hour shelfhab
2019_01 -122.9979 37.68930 2019-06-07 05:04    5    inner
2019_01 -122.9977 37.68833 2019-06-07 05:06    5    inner
2019_01 -122.9975 37.68737 2019-06-07 05:08    5    inner
2019_01 -122.9974 37.68644 2019-06-07 05:10    5    inner
2019_01 -122.9974 37.68550 2019-06-07 05:12    5    inner
2019_01 -122.9974 37.68457 2019-06-07 05:14    5    inner

> str(locs.19)
'data.frame' :  6531 obs. of  6 variables:
 $ ID       : chr  "2019_01" "2019_01" "2019_01" "2019_01" ...
 $ x        : num  -123 -123 -123 -123 -123 ...
 $ y        : num  37.7 37.7 37.7 37.7 37.7 ...
 $ datetime : chr  "2019-06-07 05:04" "2019-06-07 05:06" "2019-06-07 05:08" "2019-06-07 05:10" ...
 $ hour     : int  5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 ...
 $ shelfhab : chr  "inner" "inner" "inner" "inner" ...

### Plot ###
p19 <- ggplot(locs.19, aes(x = hour))+ 
  geom_density(aes(fill = shelfhab), alpha = 0.4)+
  xlab("Time of Day (24 h)")+
  theme(legend.position = "right",panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        axis.line = element_line(colour = "black"),
        text = element_text(size = 14,family = "Calibri"))+
  scale_x_continuous(breaks=seq(0,24,2),limits = c(0, 24), expand = c(0,1))

p19

Answer 1

问题是您在 scale_x_continuous 中设置了限制。因此，您可以设置估计密度的范围。要获得您想要的结果，只需通过 coord_cartesian 设置限制即可。这样，密度只会根据您的数据进行估算，而您仍然会得到 0 到 24 小时的范围。

使用一些随机示例数据：

set.seed(42)

# Example data
locs.19 <- data.frame(hour = sample(5:21, 1000, replace = TRUE),
                      shelfhab = sample(c("inner", "outer"), 1000, replace = TRUE))

library(ggplot2)

ggplot(locs.19, aes(x = hour))+ 
  geom_density(aes(fill = shelfhab), alpha = 0.4)+
  xlab("Time of Day (24 h)")+
  theme(legend.position = "right",panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        axis.line = element_line(colour = "black"),
        text = element_text(size = 14))+
  scale_x_continuous(breaks=seq(0,24,2), expand = c(0,1)) +
  coord_cartesian(xlim = c(0, 24))

密度图超过 x 轴间隔

Density plot exceeds x-axis interval

r

ggplot2

density-plot