Altair 与 Vaex

Question

我正在尝试使用 Vaex together with Altair，但我在将 Vaex 数据帧传递给 Altair 时遇到了一些问题。

尝试做一个简单的line chart

alt.Chart(df)\
.mark_line()\
.encode(alt.X('x'), alt.Y('y1'))

我收到一个错误提示

[the] encoding field[s] is[are] specified without a type; the type cannot be automatically inferred because the data is not specified as a pandas.DataFrame.

但如果我尝试指定它们

alt.Chart(df)\
.mark_line()\
.encode(alt.X('x:T'), alt.Y('y1:Q'))

我收到一个错误提示

altair.vegalite.v4.api.Chart->0, validating 'additionalProperties'

Additional properties are not allowed ('y1', 'x', 'y2' were unexpected)

在我看来，将 Vaex 数据框链接到 Altair 时出现了一些问题，但我不知道如何解决它...

这里是完整代码：

import altair as alt
import numpy as np
import vaex
import datetime

base = datetime.datetime.today()
dates = [base - datetime.timedelta(days=x) for x in range(10)]

y1 = np.sin(range(10))
y2 = np.cos(range(10))

df = vaex.from_arrays(x=dates, y1=y1, y2=y2)

alt.Chart(df)\
.mark_line()\
.encode(alt.X('x:T'), alt.Y('y1:Q')) #.encode(alt.X('x'), alt.Y('y1'))

Answer 1

Altair 与 Vaex 不兼容。最简单的方法是在 altair 图表中使用时将 Vaex 数据帧转换为 pandas；例如：

alt.Chart(df.to_pandas_df())

使用此转换几乎没有缺点：pandas 是 Altair 的硬性要求，Altair 始终会将数据序列化为 JSON，以便将其传递给 Vega-Lite.对于 Altair 可以处理的数据集大小，Vaex 提供的数据表示和序列化的效率并不是特别重要。

如果您希望它自动发生，您可以注册一个支持 vaex 的新数据转换器。这应该可以解决问题：

import altair as alt

def vaex_data_transformer(df):
  try:
    df = df.to_pandas_df()
  except AttributeError:
    pass
  return alt.data.default_data_transformer(df)

alt.data_transformers.register('vaex', vaex_data_transformer)
alt.data_transformers.enable('vaex')

启用此功能后，alt.Chart() 将在接受 pandas 数据帧的任何地方接受 vaex 数据帧。

Altair 与 Vaex

Altair with Vaex

python-3.x

altair

vaex